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==最先由葡萄牙統治==

早在公元前600年，腓尼基人已到達肯亞的蒙巴薩。公元7世紀，東南沿海已形成一些商業城市，阿拉伯人開始在拉穆附近定居。在此之前，已有阿拉伯人、波斯人和印度人到此經商，他們在每年11月至翌年4月間乘東北季風駕船由阿拉伯半島到肯亞海岸，然後在每年6月至10月乘西南季風返航，但是這些商人來來去去，並不在此定居。

公元7世紀後，伊斯蘭教在中東興起，阿拉伯穆斯林用伊斯蘭教旗幟，建立了從西亞到北非及歐洲的大帝國，對包括肯亞在內的東非沿海社會產生了深遠的影響。為了躲避戰亂，阿曼酋長蘇萊曼和賽義德等在內戰中失敗後，於公元695年率族人逃來東非海岸。公元8世紀末，來自葉門的一些阿拉伯部落也移民蒙巴薩和摩加迪沙一帶。公元915年左右，塞拉子蘇丹和6個兒子率族人來到東非，還有一些普通阿拉伯人和塞拉子人從祖居地紛紛遷來東非沿海一帶，他們在這裡定居與當地女人結婚生子，經過多代的混居後，產生了斯瓦希里(Swahili)人和斯瓦希里語新的族群和語言。

阿拉伯人在東非不僅傳播伊斯蘭教和阿拉伯文化，形成新的族群，還促進了當地農業和商業的發展，並出現一些由阿拉伯人主宰的沿海商業城鎮或城邦。到了15世紀初，從摩加迪沙到夸萊的東非沿海，計有37個大大小小的城鎮，除一部分建於12世紀，大部分都是建於12∼13世紀，其中有不少城鎮是建在肯亞沿海，主要的有曼德拉、帕泰、馬林迪和蒙巴薩等。其中的1415年，馬林迪王曾派使臣向中國明朝永樂皇帝贈送長頸鹿。1417∼1419年，明朝三保太監鄭和率船隊第五次下西洋期間，曾訪問了肯亞的馬林迪及其他城邦，其目的雖然只在宣揚國威，而不在擴張國際貿易，但是中國的絲綢和青瓷已經輸往東非，馬林迪也用非洲的香料和象牙與中國交易。1420年，馬林迪王回訪中國，不幸中途逝於福州，葬於閩侯縣境。

15世紀末葉，葡萄牙人在尋找前往印度和東方的海路時，侵入了印度洋的非洲沿海，其目的為奪取據點、控制貿易、劫掠和榨取當地的資源，附帶傳播基督教。1498年，葡萄牙人瓦斯科•達伽瑪(Vasco De Gama)首次率領艦隊繞過好望角到達肯亞沿海，蒙巴薩王對葡萄牙人心存疑慮並表示敵意，但與蒙巴薩王不睦的馬林迪王卻給予友好接待，還允許達伽瑪在馬林迪海邊建築石頭十字架。蒙巴薩王意識到葡萄牙人的前來旨在窺測和奪取土地，乃呼籲馬林迪王捐棄前嫌，共抗外敵，但未被接受。由於各城邦的不和，予葡萄牙人以有隙可乘之機，得以利用優勢的武力對旭邦各個擊破。

1505年，蒙巴薩遭到葡萄牙艦砲轟擊後，繼之被洗劫。1506年，拉穆和帕泰在葡軍的襲擊後被迫投降。至此，葡萄牙人從阿拉伯人手中奪取了東非沿海的所有城邦，葡萄牙商人在肯亞沿海獲得商業獨佔權。但因力量分散，葡萄牙人只能重點經營一些城市據點。1528∼1569年，蒙巴薩和帕泰曾趁虛先後起事，葡軍馳往鎮壓，蒙巴薩再次遭到洗劫，帕泰王則納款求和。

16世紀中期，奧圖曼土耳其帝國崛起於西亞和北非，並不時襲擊東非沿海北部，與葡萄牙人爭奪勢力範圍。1585∼1588年，法札、帕泰、拉穆、基利菲和蒙巴薩等城邦，在土耳其人阿里•貝伊的鼓動和支持下起義，反對葡萄牙人的統治，葡人從印度的果阿調派艦隊鎮壓，並在馬林迪王的協助下，打敗了固守蒙巴薩的土耳其人、阿拉伯人及斯瓦希里人，蒙巴薩第三次被掠奪一空。但這次更慘，因為一支食人族的辛巴部落在葡軍撤出後接踵而至，到處劫掠居民，給當地帶來了莫大的恐懼。意猶未盡的辛巴人隨後又北上包圍馬林迪，但遭到同樣兇悍與馬林迪結盟的塞格居人的襲擊，僅有百餘人逃生。

這一事件後，葡萄牙人對肯亞沿海加強控制，在蒙巴薩設長官署，於1593年修築堅固雄偉的耶穌堡，立馬林迪王哈桑•伊本•阿赫邁德為蒙巴薩蘇丹，以酬其「忠」，但實權卻掌握在耶穌堡葡萄牙長官手中，由百名葡軍駐守的耶穌堡便成為葡萄牙在東非的要塞。此後的半個世紀裡，是葡萄牙人在肯亞沿海一帶勢力最鼎盛的時期。

由於葡萄牙長官的驕橫貪婪，忍無可忍的阿赫邁德蘇丹乃於1614年到印度的果阿向葡萄牙總督告狀，未果，在他返回非洲後被葡萄牙官員買通當地部落的人加以殺害，其7歲大的兒子優素夫被葡萄牙人送往果阿接受基督教教育。

1630年，長大成人的基督徒優素夫回到蒙巴薩接蘇丹位，但不久卻皈依伊斯蘭教。1631年8月15日的基督教聖母升天日，他趁葡萄牙人忙於慶祝節日放鬆戒備之際，發動反葡起義，幾乎全殲當地的葡萄牙駐軍，也殺死一些基督徒，佔領耶穌堡。在當年的年底，還擊退了由果阿派來葡萄牙艦隊的進攻。但他的號召起義沒有得到廣泛的其他鄰近地區響應，在次年葡萄牙援軍大舉進攻前，他率眾退出了蒙巴薩，在海上繼續進行反葡活動，於1637年死於吉達。

1650年，阿拉伯半島上受葡萄牙殖民統治的阿曼(Oman)，在教長蘇丹•伊本•賽義夫的領導下趕走葡萄牙人。1652年，阿曼教長派艦隊襲擊帕泰和桑吉巴的葡萄牙人，開始干預東非。1660年，賽義夫又應帕泰人的請求進攻法扎，佔領了蒙巴薩（不含耶穌堡）。1678年，葡萄牙駐果阿總督達爾梅達率軍來到帕泰，處死帕泰、拉穆、錫烏和曼德拉等城邦的首領及其部屬。1680年，帕泰王再次起義反葡，不久後被俘，於1688年在果阿遭殺害。

1696年，阿曼首領賽義德•伊本•蘇丹，率領有3000多名士兵的阿曼艦隊圍攻蒙巴薩，於1698年底攻擊耶穌堡。30年後的1728年葡萄牙人重佔此堡，但翌年又被趕走。此後，葡萄牙人專心經營莫三比克，不復北顧，肯亞沿海則由阿曼人主宰，並分成三個階段：

第一階段是17世紀末至18世紀初期，阿曼統治者派兵鎮守以蒙巴薩為中心的重要據點。各城邦名義上服從阿曼的統治，事實上是各自為政的。當地人很快就發現了阿曼人的貪婪和霸道和葡萄牙人沒有什麼不同，因此心懷怨恨。在這段時期內，伊斯蘭文化和沿海貿易有所恢復，但城邦之間經常發生矛盾和衝突。

第二階段是阿曼的馬茲魯伊(Mazruis)家族於18世紀後期至19世紀初的霸權時期。因為17世紀末馬茲魯伊家族曾參加攻陷耶穌堡的戰役，乃得以在蒙巴薩定居，並且靠從政和經商很快就成為當地最有財勢的家族。1741年，阿曼教長任命馬茲魯伊家族的穆罕默德•伊本•烏斯曼為蒙巴薩總督。不久，阿曼統治集團內訌不已，馬茲魯伊家族乘機宣布蒙巴薩獨立，馬林迪和帕泰等城邦也起而效尤。馬茲魯伊家族還奪取了奔巴(Pemba)作為食品主要供應地，且與帕泰的統治家族建立聯盟，在帕泰派遣駐軍；南方的武姆巴也承認蒙巴薩的盟主地位。阿曼統治者試圖扼制馬茲魯伊家族勢力，1785年曾派出一支東非遠征軍，順道前往蒙巴薩，迫其承認阿曼的最高統治權，但是實際上並沒有減弱馬茲魯伊家族在當地的實權。1807年，馬茲魯伊家族還派兵到帕泰去支持自己選擇的人繼承帕泰的王位。

後來由於馬茲魯伊家族的日益驕橫，族內開始爭權奪利，因此逐漸失去盟邦的支持，勢力也日益衰落，而此時阿曼新君賽義德正計劃重新征服東非沿岸城邦。1812年，馬茲魯伊家族在攻取拉穆的戰爭中失敗，次年拉穆歸順阿曼。1822年，帕泰和奔巴相繼脫離馬茲魯伊家族的控制。1824年，英國一艘戰艦應馬茲魯伊家族的請求，對蒙巴薩實施「保護」，後於1826年10月撤走。同年，阿曼蘇丹賽義德率軍登基蒙巴薩，經談判後允許馬茲魯伊家族的薩利姆•本•阿赫邁德留任蒙巴薩總督。1828年薩利姆再舉反旗，並於1834年擊退阿曼人的圍攻。1835年，薩利姆逝世，新任總督拉希德被迫投降，馬茲魯伊家族被逐出蒙巴薩。

第三階段是19世紀30年代末至90年代末的阿曼－桑吉巴(Zan-zibar)統治時期。1837年阿曼再次佔領蒙巴薩，因此又成為東非沿海的統治者。1840年，賽義德將首都由馬斯喀特遷至桑吉巴，想以這裡為中心建立較為安全的商業帝國。桑吉巴統治者建有北、中、南三條深入非洲內陸的商路，其中的北路以蒙巴薩為集散地，由此穿過坎巴地區深入肯亞中部至西北部，以及經坦尚尼亞北部至維多利亞湖地區。早在19世紀30年代，坎巴人就已定期組織商隊到蒙巴薩等沿海市場進行貿易；到了19世紀60年代，沿海的阿拉伯人和斯瓦希里人的商隊開始直接進入內地，除了貿易丕還進行奴隸交易。

桑吉巴對肯亞沿海的統治一直不穩，帕泰島上的錫尤和帕泰時服時反，錫尤首領馬搭卡率眾多次打敗桑吉巴的討伐。1863年，馬塔卡之子穆哈馬德又聯合帕泰的蘇丹阿赫邁德造反，結果被桑吉巴軍隊鎮壓，阿赫邁德出逃，穆哈馬德於1866年被俘，帕泰全島始告平定。阿赫邁德逃到靠近沿海內地的維圖成為當地的蘇丹，繼續抵抗桑吉巴和它的「盟友」英國，得到不少阿拉伯人的支持。19世紀80年代，維圖一度成為德國的「保護地」。1890年德國退出維圖後，阿赫邁德的後人繼續反抗桑、英當局，但被武力鎮壓。另一位反桑吉巴的首領是馬茲魯伊家族後裔的穆巴拉克•本•拉希德，他在1860年時曾被桑吉巴統治者任命為加濟(Gasi)的長官，但他一心要恢復祖業，於1871年起事，失敗後退至姆韋勒，並以此為根基地組織部落暴動，1895年兵敗投降。