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==與玻利維亞合併==

加馬拉流亡玻利維亞後，與玻利維亞總統聖克魯斯達成協議，由他率兵佔領庫斯科，然後從那裡宣布反對奥爾維戈索政府，並支持建立以聖克魯斯爲首的秘魯玻利維亞聯邦。一八三五年二月，加馬拉成功地佔領了庫斯科，但同時利瑪也發生了軍事政變，費利佩˙聖地亞哥˙薩拉維里(Felipe Santiago Salaverry )將軍推翻了自由主義者所支持的奥爾維戈索政府。此時，聖克魯斯轉而支持奥爾維戈索，條件是奥爾維戈索復職後必須使秘魯和玻利維亞結成聯邦制阈家。面對這種局勢，加馬拉將軍在庫斯科會見了薩拉維里的密使費利佩˙帕爾多(Felipe Pardo)，承認薩拉維里爲秘魯總統，並結盟共同對抗聖克魯斯和奥爾維戈索。

同年六月，聖克魯斯佔領了庫斯科，加馬拉戰敗被俘，聖克魯斯看在這位昔日盟友的面子上才 放他一條生路，把他流放到智利。翌年二月，聖克魯斯一舉擊敗薩拉維里，將他就地處決。

同年三月，秘魯、玻利維亞聯邦正式成立，這個聯邦由三個國家組成，一個是以利瑪爲首都的北秘魯，由奥爾維戈索任總統；另一個是以阿雷基帕爲首都的南秘魯，由埃雷拉將軍任總統；還有一個是以拉巴斯爲首都的玻利維亞，由貝拉斯科任總統。聖克魯斯則擔任護國主，總攬三國大權，而且這一職位是終身世襲的。英國、法國和美國等相繼承認這個新國家，但鄰國卻害怕和反對這個強大的聯邦。

一八三六年五月，智利的獨裁者波塔萊斯(Portales)派曼努埃爾˙布蘭科˙恩卡拉達(Manuel Blanco Enclada)海軍上將帶領一支遠征軍入侵南秘魯，結果被聖克魯斯擊敗，智利國內也有不少人反對這場戰爭，反戰派在瓦爾帕萊索附近刺殺了波塔萊斯。翌年，聖克魯斯的軍隊又擊敗了企圖推翻他的阿根廷軍隊。

一八三八年智利政府又組織了一支遠征軍，由曼努埃爾˙布爾內斯(Manuel Bulnes )將軍指揮，再度入侵秘魯。許多反對聖克魯斯的秘魯人，如加馬拉和拉弗恩特等都在布爾內斯的遠征軍中擔任重要職務。同年八月，智利遠征軍攻克了利瑪。翌年一月二十日，雙方的主力部隊在利瑪北部安卡什地區的永蓋伊城
展開一場大決戰。

聖克魯斯的聯邦軍在戰役初期佔了上風，一舉擊潰敵方騎兵縱隊，布爾內斯在喪氣之下令騎兵退卻，並打算把遠征軍撤退到皮烏納。但是，布爾內斯手下的一名秘魯將領拉蒙˙卡斯蒂利亞(Ramon Castilla)卻觀察到聖克魯斯軍隊正在重新布陣，防線鬆散，於是他抓住利機動反攻，最終戰勝了聯邦軍隊。聖克魯斯則僥悻從戰場上逃脱流亡厄瓜多爾，秘魯利維亞聯邦也迅即瓦解。

一八三九年二月，加馬拉再次當選爲秘魯總統，取名「復辟者」的稱號。永蓋伊戰役中的功臣卡斯蒂利亞被任命爲財政部長。次年，秘魯與英國的一家輪船公司達成協議，由英國人負責經營秘魯西海岸的沿岸船運業。當時秘魯人從未見過蒸汽船，所以當第一艘輪船「秘魯號」出現在奇爾卡面時，輪船上冒出的滾滾黑煙使一位秘魯地方官大爲驚慌，連忙派十幾條小船前去滅火，可是令他百思不解的是他所提供的救援卻遭到英國人的拒絕。於是，他在次日給上司的一份報告中寫道，他看到了一艘被黑煙所籠罩奇怪的船漸漸駛向遠方，最後被完全燒燬。

一八四一年初，比萬科在庫斯科起兵反抗加馬拉政府的統治，但他很快就被拉蒙˙卡斯蒂利亞率領的政府軍擊敗，不得不流亡到玻利維亞。

同年六月，玻利維亞發生軍事政變，趕走了總統何塞˙巴利維安(Jose Ballivian)，請在厄瓜多爾流亡的聖克魯斯回國就任總統。秘魯國務委員會認爲聖克魯斯上台後一定會進攻秘魯，於是決定先發制人，授權加馬拉總統對玻利維亞宣戰，而加馬拉也一直夢想著能在他的獨裁統治下重新建立一個中央集權制的秘魯-玻利維亞聯邦，但等他率兵到邊界時，玻利維亞的軍人政變已經失敗˙何塞˙巴利維安重新掌權，可是加馬拉卻無意抑制自己的奢望，依然按原計劃入侵玻利維亞。

同年十一月十八日，雙方在因加維地區展開激戰，就在戰鬥最緊要的關頭，聖羅曼再次臨陣逃跑，結果秘魯軍隊一潰千里。不但如此，秘魯總統加馬拉也在這次戰役中陣亡。次年六月，兩國簽訂和約。

加馬拉戰死後，秘魯出現了無政府狀態，軍事政變經常發生，總統任期短的只有十幾天，長的也不過幾個月，直至一八四三年初，流亡玻利維亞的比萬科回國出任總統後，局勢才穩定下來。

比萬科不但是一位軍事將領，而且還是一位博覽群書的飽學之士，他的行囊中總是帶著一些西班牙古典作家的文集。他還喜歡别出心裁，例如他出征的時候，喜歡穿一件深紅色的長披風、一件貂皮短斗篷和一頂插有巨羽毛的捲毛帽。他在政治上實行獨裁統治，委任自己的親信組成國務委員會，不召開議會，完全按照自己的意志頒布法律，還用暴力清除異己份子，而且經常扣發政府雇員的薪金和養老金。

一八四四年初，多明戈˙涅托將軍和拉蒙˙卡斯蒂利亞將軍在南方起兵反對比萬科政府，他們稱自己的軍隊爲護法軍，爲保衛憲法而戰。比萬科率領大軍南下應戰，一位自稱信仰自由主義的富裕地主多明戈˙埃利亞斯(Domingo Elias)在利瑪起而宣布反對比萬科，並得到守城部隊的響應。同年二月，多明戈˙涅托病逝於庫斯科，拉蒙˙卡斯蒂利亞成爲護法軍最高統帥。同年七月二十二日，護法軍在卡爾門阿爾托戰役中徹底擊敗比萬科的軍隊，比萬科在戰場上僥倖逃脱，流亡國外。

一八四五年四月，卡斯蒂利亞當選爲秘魯總統，他的父親是西班牙人，母親是印第安人 。身爲一個混血兒，他通常被看作是秘魯民族賴以興起的種族融合的象徵。他認爲軍隊不是暴政的工具，應當是國內外和平的維護者和憲法的忠誠捍衛者。

同年十月二十一日，他制定了秘魯歷史上的第一份國家預算。一八四八年，秘魯建立了總會計局，下設普通統計委員會，負责提供人口、統計、農業、礦業、工業和商業等精確資料。一八五一年四月五日，從利馬至卡亞俄的鐵路正式通車，秘魯成爲築有鐵路的第一個拉丁美洲外。此外，還修建了公路、橋樑、橋樑、渡槽和教堂。

卡斯蒂利亞也非常重視教育事業，興辦了師範學校、工藝學校、小學和中學等，還設立了政府獎學金，在貝利亞維斯塔辦了一所軍事學校，還派遣海軍軍官赴歐洲留學。

由於在秘魯發現了儲量豐富的鳥糞層和硝石，使這個國家得以利用這些
資源出口賺取外匯，不但清償了外債，而且也使國民經濟有很大發展。

一八五一年，卡斯蒂利亞的總統任期屆滿。同年三月三十一日，議會宣布何塞˙魯菲諾•埃切尼克(Jose Rufono Echenique)爲新總統，他原任副總統兼國務委員會席，上委任胡安˙克里索斯托莫˙托里科(Juan Crisostom Torrico )爲陸軍部長，使許多秘魯人感到恐慌，因爲此人臭名遠播。

埃切尼克還挑選巴托洛梅˙埃雷拉爲私人顧問，這個人極力主張把秘魯變成神權政體。埃切尼克治國無方，國庫空虚，債台高築，貪污現象嚴重，陸軍部長托里科貪了四百萬索爾。

他的統治引起了民眾的強烈不滿，一八五四年二月，阿雷基帕暴發反政府起義。同年四月，卡斯蒂利亞秘密地離開喬里略斯，乘坐一艘智利商船沿海南下至阿提科，從那裡前往阿雷基帕，成爲起義軍首領。同年六月，起義軍擊敗了前來鎮壓的政府軍。七月，卡斯蒂利亞頒布了廢除黑奴制和印第安人的人頭税法令，許多印第安人和黑人加入起義隊伍的行列，使革命力量大爲增強。

一八五五年一月五日，起義軍在利瑪郊外的拉帕爾馬潰擊了由陸軍部長托里科率領的政府軍，托里科到美國駐利瑪公使館請求避難，後流亡歐洲。埃切尼克也匆忙逃往巴拿馬，後流亡美國。

同年二月，秘魯舉行歷史上第一次直接選舉國會議員，所有支持過埃切尼克的人都被剝奪了選舉權。同年五月，卡斯蒂利亞被議會任命爲新總統。

一八五六年，議會頒布了一部新憲法，禁止國教替教會收税，教會與軍隊對於捲入民事和刑事案件的教士與士兵、私設的法庭審判權予以廢除。總統的權力已被限制，議會有權對內閣成員進行彈劾與撤換，憲法還賦予議會對軍人升級的控制權，從而進一步削弱了總統的地位。卡斯蒂利亞對於限制總統對武裝部隊的控制權極爲不滿，他斷言完全實現這部憲法就會導致公眾的騒亂，並敦促議會修改憲法中的某些條款，但議會無視卡斯蒂利亞的警告。於是，卡斯蒂利亞所預言的騷亂 不久就發生了。

同年十月三十一日，阿雷基帕發生暴亂，反對卡斯蒂利亞和新憲法。暴亂的指揮者是剛從智利流亡回國的比萬科，許多海軍官兵也宣布反對合法政府，這使比萬科掌握了制海權，他用軍艦將許多士兵運到特魯希略，準備進軍利瑪。

卡斯蒂利亞利用他所控制唯一的一艘戰艦，運載他的士兵，很快就出現在特魯希略，這使比萬科大吃一驚，他避免跟卡斯蒂利亞交戰，又把士兵趕上裝備精良的艦隊開往卡亞俄，企圖攻佔利瑪。但是，他的軍隊未能攻克卡亞俄，只好沿海岸繼續南行，等部隊登陸後再行軍，返回阿雷基帕，結果遭到卡斯蒂利亞軍隊的圍攻。

一八五八年三月六日，比萬科被迫投降，再次被流放到智利。

一八五九年，卡斯蒂利亞強行解散了難以駕馭的議會，然後又操縱選舉組成了 一個温順的議會。翌年議會對憲法進行修改，總統任期由六年減至四年，而且不得連選連任。憲法授予總統的權力是恢復了總統對軍隊的控制權、禁止徵收雜税，承認天主教會爲唯一的教會、取締了軍隊的審判權。這部憲法一直實行到一九二〇年爲止。

一八六二年十月，卡斯蒂利亞的總統任期屆滿，聖羅曼當選爲總統。隨著卡斯蒂利亞獨裁統治的結束，秘魯再度陷入長達二十年之久的動亂。

翌年四月三日，聖羅曼病逝，胡安˙安東尼奥˙佩塞特(Juan Antonio Pezet )接任總統的職務。

同年八月，兩名西班牙移、民在一次農場械鬥事件中被殺，西班牙政府向秘魯政府提出措辭強硬的抗議，要求支付大筆賠償金。一八六四年四月十四日，西班牙以這事件爲藉口，派海軍遠征軍佔領了卡亞俄以南約一百六十公里處的欽查群島。

這不但是對秘魯主權的挑戰，而且使秘魯經濟受到沈重打擊，因爲這個群島是秘魯最主要的鳥糞產區。南美國家認為這是西班牙企劃重新控制南美洲大陸的第一步，因而齊心協力對抗西班牙，再加上美國也反對西班牙的侵略行徑，所以西班牙被迫於次年一月與秘魯簽訂了「比萬科帕雷哈條約」規定西班牙從欽查群島撤軍，秘魯應付三百萬比索的賠償費。

卡斯蒂亞強烈譴責這個不平等條約，計劃領導一次反對佩塞特政府的革命。同年二月初，他在國家宮與佩塞特相互指責，佩塞特一怒之下將他逮捕，並流放國外。

同月二十八日，馬里亞諾˙伊格拉西奥˙普拉多(Mariano Ignacio Prado )在阿雷基帕領導反政府暴動。同年十一月，普拉的軍隊佔領了利瑪，他自行任總統的職務，佩塞特被流放國外。比萬科帕雷哈條約隨之被秘魯單方面宣布作廢，於是西班牙政府便於次年一月對秘魯宣戰，一支強大的西班牙艦隊封鎖了秘魯的海岸。同年五月二日，秘魯軍隊英勇擊退了西班牙人對卡亞俄的進攻。一周後，西班牙艦隊解除了對秘魯海岸的封鎖，撤退回國。
一八六七年二月，自由派議員在大選中獲勝，他們又提出一部欠考慮、類似一八五六年的憲法，剝奪了總統的許多傳統特權，並賦予各省省長更廣泛的權力，削弱了中央集權制。這部憲法還進一步削弱了軍官對士兵的絕對管制權，如果上級下達的軍事命令違背憲法與民法的精神，土兵有權不服從命令。這部憲法頒佈引起各界的不滿。次月，阿亞庫喬和萬卡維利爆發了反政府起義。特魯希略、塞羅德帕斯和塔克納也出現了動亂的現象。這時，流亡國外的卡斯蒂利亞從國外到故鄉塔拉帕卡，靜觀事態發展。

普拉多總統認爲卡斯蒂利亞可能成爲暴亂的首領，於是下令逮捕卡斯蒂利亞，並將他押往卡亞俄，但是押送卡斯蒂利亞那艘船的船長被這位赫赫有名的犯人所説服，因而違抗命令把這位前任總統送到瓦爾帕索。

同年五月十五日，卡斯蒂利亞在南秘魯被起義軍推選爲首領，率軍向利瑪進逼，途中他已經感到自己的死期將近，起義軍快到蒂維利切時，他騎在馬上喘著氣説：「天啊！再活一個月我就要使我的國家恢復安寧；不，只要再活幾天就可以了。」同月三十一日清晨，這位六十八歲的老將軍被部下扶下馬後不久就死了。他的遺體被送往阿里卡埋葬。此後，阿雷基帕、契克拉約、普諾和庫斯 科等城市都相繼起義，普拉多已經無力鎮壓起義，於一八六八年初辭去總統職務，革命軍很快佔領了利瑪，立即宣布一八六○年憲法繼續有效。同年七月二十日，卡斯蒂利亞遺體從阿里卡運回利瑪，舉行了盛的葬禮。

一八六八年八月，何塞˙巴爾塔(Jose Balta)上校當選爲總統，他原是一位出身卑賤的軍人，以處事嚴厲而聞名。他是在契克拉約城領導過反對普拉多總統和自由主義憲法的北秘魯反對派。他的政治態度傾向於保守主義。有一次，一位新聞記者在文章道必須「給政府安上刹車」，這使巴爾塔大發雷霆，在他看來刹車就意味著套在牲口嘴上使之停止前進的嚼子，所以他下令把這位記者抓來親 自把一個馬嚼子套在這位倒霉記者的嘴上。另一次他又強迫一位新聞記者當著他的面，把一篇發表在報紙上的反政府社論嚼碎並吞下去。

一八七一年七月，巴爾塔在一次內閣會議上，因意見分歧，一怒之下抓起椅子打傷了與他爭論的財政部長彼羅拉；事後彼羅拉毅然辭職。此後，巴爾塔更加輕率地向法國借外債，在他的總統任期結束時，秘魯的外債總額高達四千九百萬英鎊。

翌年五月，文官主義黨總統候選人曼努爾˙帕爾多(Manuel Pardo)被選舉團推選爲下一屆總統，但他要到八月份才能正式宣誓就職。他是秘魯獨立派的第一位文官總統，在此之前的歷屆總統都是軍人，所以他的當選遭到軍人集圑的反對，他們策劃革除這位文官總統。

同年七月二十二日，陸軍部長托馬斯˙古鐵雷斯(Toma Gutierrez)在他兩位兄弟西爾維斯持雷(Silvestre)和馬塞利亞諾(Mareceliano )的支持下，在利瑪發動軍事政變，逮捕並監禁了即將離任的總統巴爾塔，並宣布古鐵雷斯爲臨時總統。帕爾多僥幸逃出利瑪，在海上被米格爾˙格勞(Miguel Grcau)所指揮的瓦斯卡爾號戰艦所—搭救。與此同時，利瑪市民也紛紛拿起武器與政變的軍隊交戰，利瑪的街道變成了戰場。這時卡亞俄的老百姓也起義了，西爾維斯特雷趕到火車站，打算前往卡亞俄稳定局勢，但他一到火車站就被憤怒的群眾所殺。

古鐵雷斯眼看政變就要失敗，就下令扼殺關在獄市的巴爾塔總統，但他未能逃出利瑪，憤怒的群眾抓住他後，挖出他的心臟，然後把他的裸屍高高地掛在市中心廣場教堂的一個塔樓上，另一個塔樓上則吊著西爾維斯特雷的裸屍，接著市民們又斬去這兩具屍體的頭顱。當這兩具無頭屍體落地時，就放在一口大缸裡焚燒。古鐵雷斯的另一位兄弟馬塞利亞諾雖然逃出了利瑪，但他在郊區又被 人活捉並處決，他的屍體很快也被投入市中心廣場上的那口大缸裡焚燒。

一八七二年八月，帕爾多在民眾的擁護下正式就任總統。由於他的前任治國無方，借了一大筆外債，使國家經濟處於崩潰的邊緣，所以他向議會提出限制開支和徵收新税的政策，他認爲秘魯的財政困難不能通過額外的貸款來解決，只能大力發展民族經濟。帕爾多對教育事業非常重視，建立了免費初等教育普及制度。他覺得只有普及初等教育，才能使每個秘魯公民學會保護個人尊嚴。他認爲如果人民始終處於愚昧狀態中，秘魯就決不可能擺脱落後的狀態。帕爾多還很重視高等教育，在利瑪創辦了一所女子師範學校、一所實用農業學校、一所工藝學校和一所土木採礦工程學校，還在卡哈馬卡、胡寧和庫斯科等城市各辦一所師範學校。爲了加速國民經濟的發展，他批准由美國人承包穿越安地斯山脈的鐵鉻工程。

爲了把更多的資金用於經濟建設，帕爾多把常備軍裁減了百分之七十五，只剩下兩千五百人。他還以資金缺乏爲藉口，撕毁了向一家英國海軍工廠購買兩艘戰艦的合同。他的裁軍政策引起了軍人集圑的強烈不滿。

一八七四年八月二十二日，帕爾多在利瑪的街道上行走時，一個名叫胡安•博薩的陸軍上尉，一邊高喊：「宗教萬歲，處死帕爾多」。一邊掏出手槍向帕多開槍，幸好没有擊中，帕甭多才得以逃生。

幾天後，年邁的陰謀家比萬科在萬卡約、坎塔、阿亞庫喬和阿雷基帕等地策動叛亂，但都被帕爾多鎮壓下去，帕爾多終於確信，只有軍人才能在下屆總統任期內使國內局勢得以穩定，於是文官主義黨就推選普拉多將軍爲下屆總統候選人。

一八七六年八月，普拉多正式就任總統。一八七八年九月，前總統帕爾多當選爲參議員。同年十一月十五日，帕爾多在議會上發表演講，指出秘魯有遭到智利進攻的危險。次日，當他走進參議會廳時，被人槍殺。刺客是一個名叫梅爾喬•蒙托亞的軍士，他因這位前總統的軍事政策使他不能升爲軍官，而懷恨在心，下此毒手。