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==被馬拉人統治600年==

這個國家的中世紀史，一般認為是從馬拉(Malla)王朝的統治開始，時間是從12到18世紀。在這個時期，加德滿都、巴德崗和帕坦三大城市都得到迅速發展，商業和貿易都很繁榮，建築也達到較高的水準，迎來了文化藝術的又一個黃金時代，語文得到了統一，不論加德滿都谷地或較偏遠的小鎮，到處都洋溢著文藝復興的生機，今日在尼泊爾各地所見到的許多傑出建築物和雕刻，大部分都是這個時代的產物。
阿里德瓦•馬拉(Ari Deva Malla)是馬拉王朝首位有文獻記載的國王，在位僅6年。1206年由其子阿巴亞•馬拉(Abhaya Malla)繼位，確立了馬拉人在尼泊爾的統治地位，並與中國交往密切。1260年，元世祖忽必烈命西藏事務總管八思巴到尼泊爾招聘80名興建佛寺、佛塔的工匠到西藏建造佛寺，其中一位名叫阿尼科的工匠，因技藝超群，被元世祖召到北京出任光祿大夫，負責寺院的建築事務。據說北京阜城門內白塔寺的白塔和山西五台山的佛塔，都是在他監造下建成的。
在馬拉王朝的歷任國王中，以賈雅斯希提•馬拉(Jayasthiti Malla)最為出名，他從1382年統治至1428年逝世止，對尼泊爾當時的社會、宗教和經濟都加以改革。曾頒布「摩奴法典」，制定種姓等級地位，將印度教徒分成婆羅門、剎帝利、吠舍和首陀羅等四種種姓和許多亞種姓，同時將佛教徒劃分出班達、烏達斯和迦布等種姓等級，各個種姓的人在衣食住行方面都受到法律約束。
在宗教方面，積極推行印度教，興建了許多印度教廟宇，並將印度教的儀規和習俗，強加在佛教徒身上，使得印度教在尼泊爾紮下了深固的根基。在經濟方面，實行新的土地丈量法和新的度量衡單位。在司法方面，實行按罪量刑的法制。這些改革措施對鞏固馬拉王朝有重大的貢獻。他在位的46年中與中國的關係非常密切，雙方共有9次使節往返，明朝曾厚賜彩幣、絨綿、絲綢等禮物，尼泊爾也回報以小金塔、佛像、駿馬和土特產等貢品。
他的孫子亞克希亞•馬拉(Yaksnya Malla)於1428年繼位，也是一位賢君，多年征戰降服了許多土邦，將國土擴展到孟加拉地區。在位期間實行分封制，由自己統治加德滿都，長子賈亞拉伊•馬拉(Jayarai Malla)統治巴德崗，次子拉特納•馬拉(Ratna Malla)和三子拉瑪•馬拉(Rama Malla)聯合管理帕坦，從而埋下了分裂馬拉王朝的禍根。
亞克希亞•馬拉於1482年駕崩後，次子拉特納•馬拉篡奪了本應由其兄賈亞拉伊•馬拉繼承的王位，賈亞拉伊•馬拉則在巴德崗自立為王，三弟拉瑪、馬拉也在帕坦稱王，從此馬拉王朝名存實亡，出現了以加德滿都、帕坦和巴德崗3個城市為統治中心的獨立王國，互相長期交戰，形成3 個鼎立之勢。後來加德滿都國王希瓦辛哈•馬拉(Siva Sinha Malla)，曾於1597年打敗了帕坦國王普蘭達爾•辛格(Purandar Singh)，並讓自己的兒子哈里哈爾•辛哈•馬拉(Harihar Sinha Malla)掌管帕坦政務，但其子到任後就自立為王，拒絕其父兼併帕坦的要求。
雖然尼泊爾陷入分裂狀態，但3個公國在各自君主的領導下，社會經濟和建築業依然得到不同程度的發展。其中的加德滿都王國經歷了13任國王，在第8任國王拉克希米•納拉辛哈•馬拉(Lakshmi Narasinha Malla)統治期間，有位毗賽特建築師建了加斯特滿達普獨木寺，是用一棵大樹的木材建成，至今仍保存完好。他在位期間令首相比姆•馬拉(Bhim Malla)與西藏簽訂貿易協定，使雙方貿易活躍，文化交流頻繁。西藏地區的佛塔建造、廟宇雕刻、佛像塑造、喇嘛廟的壁畫和各種精巧美觀的銅銀器皿等，都深受尼泊爾文化的影響，就連著名的布達拉宮也深深地打上尼泊爾建築藝術風格的烙印。
第9任國王普拉塔普•馬拉(Pratap Malla)最負盛名，他博學多才，精通詩歌，酷愛文學，通曉梵文、尼瓦爾文、印地文和其他語言，並寫過許多詩歌，曾在老王宮牆壁上用15種文字鐫刻銘文。他還注重宗教，既宣揚印度教，也扶持佛教，建造了不少廟宇和神像，包括了猴神像、猴神門等建築，開闢了皇后湖。在今日塔萊珠廟前的猴神門前，還矗立著這位國王的雕像。他還是勇敢善戰的軍事家和精明的政治家，在谷地內的三國鼎立中，不斷東征西伐，擴大自己的地盤，並用政治手腕削弱巴德崗和帕坦的力量，且先後擊敗它們的進攻。
巴德崗王國共傳11代國王，最出名的第10代國王布帕辛卓•馬拉(Bhupatindra Malla)在尼泊爾歷史上佔有顯著的地位，他酷愛建築藝術，修建許多工藝精湛的宮殿廟宇，其中至今著名的55扇窗宮殿和尼亞塔波拉五層塔就具有卓越的藝術價值，成為現在巴德崗露天博物館的重要古蹟。
帕坦王國最出名的國王要算是希迪•納拉•辛哈•馬拉(Siddi Nala Sinha Malla)，是位熱衷宗教和愛好文學藝術的人，他興建許多寺廟、噴水池和客棧，其中以21個尖塔的黑天神廟最為著名，至今仍被視為尼泊爾建築藝術的典範。在帕坦王國的後期，朝政被有權勢的大臣和貴族所把持，他們甚至可以隨心所欲地廢立國王，導致人心渙散，國力衰弱。
在加德滿都、帕坦和巴德崗三國鼎立時期，尼泊爾谷地東西兩側的大片山區中，還存在著許多小國和土邦，它們之間的關係相當複雜。到16世紀時，這些小國和土邦，實際上都被一些屬於高級種姓的印度移民所統治，這些印度人多係穆斯林入侵北印度後逃往尼泊爾的難民。儘管馬拉人統治尼泊爾近600年，但因國家長期處於割據分裂狀態，內部相互傾軋和殘殺，國勢衰弱。