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==後曾淪為西班牙殖民地==

15世紀末至16世紀中葉是西班牙勢力獨霸歐洲的時代，但此時經好望角和印度洋到亞洲的航道已被葡萄牙獨佔，西班牙人不得不另闢途徑，尋找一條通向東方的新航道。1517年，葡萄牙航海家費迪南•麥哲倫(Ferdinand Magellan)來到西班牙，被查理一世國王任命為遠征船隊隊長。1519年9月20日，他率領265名水手和7名神父，分乘5艘帆船從西班牙聖盧卡爾港啟程。西進的航程充滿了艱辛險阻，船隊遇到了種種困難，有時甚至到了絕望的邊緣。但他均能平息水手中的不滿和反叛，堅持沿南美洲東海岸向南探索。翌年10月21日，終於發現了通往太平洋的海峽，這就是後人所稱的麥哲倫海峽。

遠征船隊徐徐通過海峽，駛入浩瀚的太平洋。這時船隊只剩下3艘船隻，排水量750噸的聖地亞哥號帆船在聖克魯斯河口被風暴打沉。船隊中噸位最大、儲備糧食最多的聖安東尼號在通過海峽時，竟開小差獨自駛回西班牙，這使船隊儲備糧食減少了三分之一。在太平洋漫長的航行中，死亡、疾病和飢餓籠罩著整個船隊，先後有19名水手死亡，還有30名水手病得無法工作，遠征隊隨時有全軍覆沒的危險。正當麥哲倫瀕臨絕境之際，遠征隊卻漸漸靠近一組歐洲人從不知曉的菲律賓群島。

1521年3月16日黎明，船隊的瞭望哨兵首先發現了高聳於海平線上的薩馬島。麥哲倫登上桅樓，謹慎地選擇了薩馬島旁一個荒無人煙的小島拋錨過夜。次日轉在萊特灣口無人居住的荷蒙賀(Homonhon)荒島上登陸，建立臨時營地，調理傷病船員，並把附近的大小島嶼命名為聖拉薩羅群島。翌日，9名熱情好客的菲律賓人乘一艘小船，從鄰近的蘇盧安(Saluan)島前來，他們對這些膚色蒼白、滿臉鬍子的陌生人非常好奇，並贈以魚、香蕉、椰子和桐油。後來一連幾天，他們陸續向遠征隊提供食物，用以換取小鏡、頭梳、玻璃珠和小裝飾品。麥哲倫驚奇地發現，當地人和中國、阿拉伯，甚至更遠的回教國家，已有頻繁的生意來往。

經過9天的休養後，遠征隊恢復了元氣，於同月25日離開荷蒙賀島，3天後抵達了利馬薩瓦(Limasawa)島，麥哲倫派他的蘇門答臘奴僕恩立克(Enrique)與當地人聯絡，獲得友好接待，酋長科蘭布(Kolambu)還向麥哲倫贈送一盒生薑和一根金條。翌日，雙方飲雞血酒結為盟友。同月31日，在海灘上舉行彌撒儀式，這是菲律賓歷史上的第一次基督教彌撒，由艦隊牧師佩德羅•瓦爾德拉馬(Pedro Valderrama)主持，當地島民好奇地模仿這些遠道而來的客人，在十字架前跪下，接受了洗禮。彌撒儀式結束後，麥哲倫讓遠征隊中最好的劍手表演歐式擊劍給島民看，當地人對西方劍術大為驚奇。當天日落時，麥哲倫在一個俯瞰大海的山頂上，立起一個木製大十字架，表示島民已經皈依基督教。此後，遠征隊在島上逗留了10天，水手們還幫助島民收割完稻子。

同年4月4日，遠征隊離開利馬薩瓦島，在科蘭布酋長的領航下駛往宿霧島。3天後船隊在宿霧島靠岸。麥哲倫派出使節，見到當地酋長拉賈•胡馬旁(Raja Humabon)，在徵得酋長同意後，遠征隊登岸開始進行實物交易。當時宿霧島上的人並不知道黃金的價值，竟然用15磅的黃金換取在歐洲幾乎分文不值的14磅生鐵，神魂顛倒的遠征隊員樂不可支，最後乾脆用自己的衣服和行李來換取黃金。麥哲倫還讓島民觀看遠征隊山砲的實彈射擊。同月14日，拉賈•胡馬旁和妻子胡安那及800多名島民接受了基督教洗禮，麥哲倫還答應以武力幫助拉賈•胡馬旁成為全島的最高統治者。此後，鄰近島嶼的一些酋長也紛紛皈依基督教，並願意臣服於西班牙國王。但是，卻有一名酋長拒絕皈依基督教，他就是馬克坦島上的拉布拉布(Lapu Lapu)酋長，他對麥哲倫派來的使者說：「我決不會屈服於任何人，我們也有刀劍。」

同月27日黎明，麥哲倫只帶60名穿盔甲的西班牙士兵進犯馬克坦島，拉賈•胡馬旁也帶領1000名宿霧島士兵前來助戰。在開戰之前，麥哲倫自命不凡地讓胡馬旁和他的士兵留在船上觀看歐洲人是怎麼打仗的。由於馬克坦島地形複雜，船隻無法靠岸，麥哲倫只好帶領士兵涉水上岸，早已埋伏在岸上繁密樹叢中的馬克坦士兵利用人數優勢，蜂湧而上，在海灘上與西班牙人展開近身搏殺，使西班牙人的槍炮無法使用。在一片混戰中，麥哲倫腿上中箭，頭盔兩次被打掉，臉部被竹矛刺中，他還想拔劍繼續作戰，但最終還是被蜂湧而上的馬克坦人殺死，這位世界上第一位環球航海家就這樣結束了生命。拉布拉布成為菲律賓第一位民族英雄。據說，此後每年的拉布拉布紀念日這一天，人們總要在海濱古戰場遺址上，穿上古老服裝重演一下當年的情形，讓麥哲倫象徵性地再死一次。

西班牙人回到宿霧島後，推選麥哲倫表弟胡安•塞拉若和他的堂兄杜阿特•巴博薩為遠征隊正副隊長。由於西班牙人在馬克坦之戰中丟盡了臉，宿霧人也不再怕他們。麥哲倫曾在遠征前立下一份遺囑，有一條款說他死後，他的馬來奴僕恩立克將獲得自由。所以，恩立克向巴博薩提出自由的要求，但遭到巴博薩的拒絕。次月一日，恩立克便和拉賈•胡馬旁酋長共同設下圈套，利用設宴的機會，一舉誘殲了包括巴博薩和塞拉若在內的29名西班牙人。損失慘重的遠征隊慌忙駕船離開了宿霧島。由於人手不足，他們被迫燒毀了排水量90噸的康塞普西翁號船。

1521年11月8日，遠征隊在一名菲律賓領航員的幫助下，終於抵達此次遠征的目的地摩鹿加(Moluccaa)群島。這時，旗艦特立尼達號嚴重漏水，不得不留下修理，後來卻落入葡萄牙人手中。最後一艘戰艦維多利亞號在埃爾卡諾(Elcano)船長的指揮下，滿載香料，渡過印度洋，繞過好望角，於翌年9月6日回到西班牙聖盧卡爾港，全隊只剩下17名歐洲人和4個印第安人，雖然這次探險損失慘重，但卻實現了人類史上第一次環球航行，並證明了地球是圓的。

維多利亞號戰艦的歸來，使西班牙掀起了航海遠征的新高潮，國王查理一世動了佔領菲律賓群島的野心。1525年7月24日，洛阿薩(Loaisa)率領450名士兵，分乘7艘戰艦，再次遠征菲律賓。這次航行也是多災多難，船隊通過麥哲倫海峽時，兩艘船沉沒，一艘船又開小差逃回西班牙。進入太平洋後，又有一艘船被颱風吹到墨西哥西海岸。同年7月30日，船隊司令洛阿薩病故，埃爾卡諾繼任統帥。次月6日，這位前維多利亞號船長也不幸病故。他的繼任者托里比奧•薩拉薩爾也於同年9月9日去世。同月20日，遠征隊終於在新任司令馬丁•伊尼古埃斯•薩基薩諾的指揮下登上了岷答那峨島，並在島上補充糧食、肉類和水果，還到處追尋島上黃金的來源。但是島民對這些不速之客非常冷漠，並迫西班牙人離開岷答那峨島。翌年1月，西班牙船隊來到摩鹿加群島中的蒂多雷島。由於船隻破損嚴重，無法繼續航行，只好呆在島上等待救援。

當洛阿薩遠征船隊還在太平洋中行進時，西班牙國王查理一世又組建了一支遠征隊。1526年4月3日，這支新的遠征隊在義大利航海家塞巴斯蒂安科•卡博特的率領下，分乘4艘戰船揚帆啟航，準備征服菲律賓，可悲的是這位探險家居然把阿根廷和烏拉圭間的拉普拉塔(La Plata)河口，誤作為通往太平洋的麥哲倫海峽，居然在這個河區轉來轉去達3年之久。西班牙國王查理一世見先後兩次遠征隊都未回國，心中十分掛念，就下令讓墨西哥的西班牙殖民總督科爾泰斯組建一支遠征隊，科爾泰斯任命他的表兄薩阿維德拉(Saavadra)為遠征隊司令。

1527年10月31日，薩阿維德拉率領120名士兵，分乘三艘戰艦，從墨西哥的薩瓜塔內霍港啟程。這支遠征隊攜帶科爾泰斯給宿霧島國王的一封信，信中說如有西班牙人被監禁在宿霧島，願以黃金贖回。此次遠征的目的是調查麥哲倫遠征隊是否還有倖存者，同時打聽洛阿薩遠征隊和卡博特遠征隊的下落，並設法選擇一個理想的島嶼作為殖民點，以便將香料運回墨西哥。但是，這支遠征船隊也很不走運，在夏威夷附近的海面上，一場颱風打沉了兩艘戰艦，僅剩旗艦繼續前進。翌年2月終於抵達岷答那峨島，救出了3位被島民囚禁的洛阿薩遠征隊的隊員。後來，島民對西班牙人發動進攻，遠征隊寡不敵眾，被迫撤退。他們試圖北上宿霧島，但強勁的東南風把船吹到了蒂多雷島，並在那裡與洛阿薩遠征隊的殘部會合。薩阿維德拉後來曾兩次試圖駕船返回墨西哥，但大風和海流又把他們帶回了蒂多雷島。1529年10月9日，心灰意冷的薩阿維德拉病逝。他的遠征隊向葡萄牙人投降，後來他們乘葡萄牙船回到了歐洲。

1529年4月22日，西班牙和葡萄牙簽訂了薩拉戈薩條約，葡萄牙人買下了摩鹿加群島。但是，西班牙並沒有放棄繼續拓殖菲律賓群島的打算。1542年初，西班牙國王查理一世下令在墨西哥組成遠征隊，墨西哥總督的妹夫魯伊•洛佩斯•德•維拉洛博斯(Ruy Lopez de Villalobos)被委委任為遠征隊司令。同年11月1日，他率領400名士兵搭乘6艘戰艦從墨西哥的納維達德港出發，橫渡太平洋，於翌年2月2日抵達岷答那峨島海域，沿岸航行尋找適合登陸的地點，並把岷答那峨島名命為「塞薩雷阿•卡羅利」(Cesarea Caroli)，以示對查理一世的崇敬。次月初，遠征隊在薩蘭加尼(Sarangani)島登陸，並以西班牙王儲菲利普(Philip)的名字，將這些群島命名為「菲律賓群島」。由於嚴重缺糧，遠征隊就使用武力劫掠村落，驅趕居民，先是搶糧食，接著就將村裡的金銀財物洗劫一空。西班牙人還組成多支分遣艦隊，到岷答那峨島沿岸各村莊搶糧食。在沙利帕達(Salipada)，搶糧的小分隊被菲律賓人包圍，差一點逃不回來。由於搶糧的行動收穫不大，西班牙人被困在薩蘭加尼島上，以蜥蜴充饑。同年8月，遠征隊再次開赴岷答那峨島搶糧，並派出一支分遣隊北上，尋找一條能避開海流回墨西哥的航道，以便向墨西哥總督求援。分遣隊到了硫磺(Volcano)列島，遇颱風被迫返回，在菲律賓群島活動了9個月，由於當地島民的頑強抵抗，再加上糧食缺乏，使他們始終無法建立殖民點。此後，遠征隊轉到摩鹿加群島活動。1546年4月4日，維拉格博斯病逝在安沃島，遠征隊陷於崩潰，殘餘的隊員經印度回到西班牙。

1556年，西班牙國王查理一世因病退位，王儲菲力普二世繼任國王。他比父親更熱衷於殖民開拓。1559年9月24日，菲力普二世要求墨西哥總督貝拉斯科組織一支遠征隊征服菲律賓。這次遠征的籌備工作歷時5年，耗資50萬比索，遠征隊士兵經過嚴格挑選，並進行了強化訓練。1564年11月21日，遠征隊的380名士兵搭乘4艘戰艦，在西班牙航海家米格爾•洛佩斯•德•勒加斯比(Miguel López de Legazpi)的率領下，從墨西哥的納維達德港啟程。次月1日夜晚，聖盧卡斯號戰艦開小差，逃回了墨西哥。翌年2月13日，遠征隊接近薩馬島，派出一支小分隊上岸搶糧，結果遭到島民的迎頭痛擊。遠征隊只好沿薩馬島東海岸南下，在萊特島補充了一些糧食和淡水。次月9日，遠征隊到達馬薩瓦島，改變以往武力搶劫的辦法，向當地酋長班考贈送了衣服，從而獲得充足的糧食。隨後，遠征隊試圖前往岷答那峨島，但逆風把他們的船吹到了保和島。同月16日，遠征隊登上保和島，結果遭到島民的襲擊。後來，他們了解到島民之所以對白人懷有敵意是因為葡萄牙人自1563年以來經常侵擾這些島嶼，誤以為他們也是葡萄牙人。勒加斯比便派出一名使者晉見當地酋長錫卡圖納，向他解釋西班牙人並非葡萄牙人，西班牙人也一樣憎恨葡萄牙人，並且願意和島民結盟共同對付葡萄牙人。在島民態度有所轉變後，勒加斯比親自上岸，與錫卡圖納酋長飲血酒結盟。遠征隊得以在保和島上休整1個月，補充了糧食和淡水。

同年4月22日，遠征隊離開保和島。同月27日艦隊抵達宿霧島，這座島嶼有良好港灣和充足的糧食，北上可抵呂宋島，南下可達岷答那峨島，有利於進攻和退守，所以勒加斯比決定要在這裡建立第一個殖民點。勒加斯比先派使節上島會晤了當地酋長圖帕斯(Tupas)，他是拉賈•胡馬旁的兒子，所以一口拒絕了西班牙人上岸的請求。勒加斯比就調集了遠征隊所有戰艦的艦砲，對村莊猛烈砲擊，炸燬了100多間房屋，西班牙士兵乘機攻上了海灘，佔領村莊，建立起菲律賓的第一個西班牙殖民點，並把它命名為「耶穌最神聖名稱之城」。遠征隊在殖民點周圍構築堡壘，並用剿撫相結合的手段迫使村民們返回家園。同年6月4日，圖帕斯酋長和勒加斯比簽訂和平條約，願意接受西班牙人殖民統治。

宿霧島殖民點建立後，遠征隊面臨的首要任務就是找到返回墨西哥的航線，同月8日，勒加斯比把這一危險的任務交給老資格的航海家烏達內塔(Urdaneta)神甫，他曾是洛阿薩遠征隊的成員。次日，烏達內塔指揮車聖彼得羅號戰艦離開宿霧島，向北偏東方向航行，以利用海流和季節風回航，當船隻到達北緯37度至39度西北季候風地帶後，便循日本暖流航行，於同年10月8日終於回到墨西哥。這條回航線路的發現對他的拓殖菲律賓具有重要意義，它成為日後菲律賓和墨西哥間大帆船貿易的生命線。

1566年10月15日，第一艘從墨西哥來的支援船隻聖赫羅尼莫號抵達宿霧島。翌年8月20日，又有兩艘大帆船在勒加斯比的兩個孫子菲力浦和胡安的率領下，從墨西哥抵達。有了這些有力的支援，勒加斯比決定向周圍的島嶼擴展殖民勢力。1569年1月，勒加斯比在班乃島上建立第二個殖民點，許多島民紛紛皈依天主教，後來還參與對鄰近島嶼上穆斯林人的作戰。勒加斯比還派出許多分遣艦隊，先後征服了馬斯巴特島、蒂考島和布里亞斯島。同年8月14日，勒加斯比正式被委任為菲律賓總督。

1570年1月，勒加斯比的孫子胡安•德•薩爾塞多(Juan de Salcedo)率領一支小分隊，對民都洛島和盧邦島上的穆斯林發動大規模進攻，血洗了兩個穆斯林城堡。同年5月24日，西班牙人攻佔馬尼拉，當地的穆斯林酋長拉賈•蘇萊曼(Raja Suleiman)雖然頑強抵抗，最終還是被迫撤退。不久，西班牙人也返回班乃島。翌年4月24日，勒加斯比親自率領230名遠征隊員乘坐23艘快速帆船直奔馬尼拉。次月19日正式加以佔領，並在那裡構築工事和城堡。同年6月24日，勒加斯比建立了馬尼拉市政廳，並將這裡定為菲律賓殖民統治的中心，傳教士也使菲律賓人皈依了天主教，但被稱為「摩洛人」的岷答那峨和蘇祿的穆斯林並不屈服。1571年8月24日，勒加斯比病逝馬尼拉，繼任者吉多•德•拉韋薩里斯(Guido de Lavezaris)繼續征服和拓殖菲律賓群島，到了1573年止，西班牙人基本上已征服了呂宋島各地大大小小的部落。

1574年11月初，中國海盜林鳳遭閩粵兩省水陸主力的攻擊，率領2000名海盜和1500多名婦女，搭乘62艘帆船前往菲律賓，企圖在那裡建立永久性據點。同月29日夜，林鳳船隊駛抵馬尼拉港入口處的馬里韋萊斯。次日早上，他派700名海盜，在日本人莊公的指揮下，在馬尼拉南面的帕拉尼亞克登陸。上午10時抵達城南巴貢巴揚，殺死了西班牙軍隊總指揮戈第和他的妻子，並燒燬了他的家。有幾名西班牙士兵逃回城裡報告，城裡的西班牙人都認為他們是在開玩笑，後來看到戈第寓所的火光衝天才如夢初醒。拉韋薩里斯總督連忙調集城內僅有的50名守軍趕往出事地點，用密集的火槍射殺了80多名海盜，並把他們趕下海去。

為了加強戰備，拉韋薩里斯逮捕了當地的2名酋長，以防菲律賓人向林鳳提供糧食，並動員城內所有的人用木板、圓木、沙袋和大酒桶構築防禦工事，還在城外的巴石河灘上圍起一道道木柵欄。次月1日，當地的菲律賓人也起來造反，有1萬多人參加起義，一些來不及逃回城裡的傳教士都被殺死。這些菲律賓人把馬尼拉包圍起來，準備配合林鳳攻城。次日凌晨4時，林鳳率1000名海盜，兵分3路進攻馬尼拉，但始終無法攻克城堡，堡內的西班牙人憑藉4門火砲，居高臨下，一次次地擊退海盜的進攻。最後，林鳳只好扔下200具同伴的屍體，率餘部撤退北上，抵達阿格諾河口，在離河口4公里處建立據點，拉韋薩里斯並沒有馬上前往派軍圍剿，經過一番精心準備，調集了一支由250名西班牙人和2500名比薩揚人組成的遠征軍，在薩爾塞多的指揮下，於1575年3月23日分乘59艘戰艦離開馬尼拉。同月30日，遠征軍抵達阿格諾河口。林鳳的部下經過幾個月的平靜生活，早已失去了警覺性，甚至連哨兵也不設。當日上午10時左右，遠征軍先頭部隊攻克了海盜堡壘，殺死了100名海盜，並放火燒燬了林鳳所有的戰船。林鳳也重新調集兵力開始反撲，經過數天激戰，雙方形成拉鋸局面。西班牙人認為林鳳戰船已被燒燬，無法逃走，便放棄進攻，改用軍事包圍的辦法，用饑餓迫他投降。在長達4個月的圍困中，林鳳暗中秘密伐木製造了30多艘新船。同年8月4日夜間，他率領新船隊成功地突圍回國，但所造新船都是一些小船，不可能將餘部全都帶走，許多婦女、兒童和工匠被遺棄，他們為了避開西班牙人的搜捕，紛紛逃入呂宋島北部山區，與當地的伊戈羅特(Igorrote)人雜居通婚。

西班牙人征服了菲律賓中部和北部地區後，力圖將殖民範圍擴大到南部地區的岷答那峨島和蘇祿群島。當時，這些島嶼是伊斯蘭教廣泛傳播的地區，至少有10個以上的穆斯林部落居住在這裡，並形了馬京達瑙和蘇祿兩個穆斯林王國。此地的經濟比菲律賓中、北部地區發達，而且是香料、海產品和中國貨物的集散地之一。

1578年，菲律賓新總督法蘭西斯科•德•桑德(Francisco de Sande)對蘇祿群島進行破壞性的襲擊，並派羅德里格斯•菲格羅斯(Rodrigues Figueros)艦長率領一支小分隊前往攻打和樂島，它是蘇祿國首府，蘇祿蘇丹龐希朗(Pangniran)率領島民英勇抵抗。最後，西班牙人佔領了這個首府，大肆搶劫後燒燬了鎮上的大部分建築物，然後才撤回馬尼拉。島上的穆斯林發誓要對殖民者發動聖戰，從此揭開了菲律賓南部穆斯林與西班牙人之間長達3個世紀的戰爭。

西班牙的殖民政策是以搜括殖民地財富為目的，菲律賓社會中原有的酋長和貴族都被剝奪了土地所有權。對殖民菲律賓有功的西班牙軍人成為領主，領地內的菲律賓人除了繳納賦稅和農產品外，凡是16至60歲的男子每年必須無償服40天徭役，從事伐木、修建橋樑、教堂、砲台和造船等繁重勞動。有許多人因勞累過度而死。在邦板牙地區的一塊領地中，一年之內竟有3000名菲律賓人在勞役中死去。原來的酋長和貴族必須聽命於西班牙領主，他們負責向村民們推派勞役和徵收賦稅，如果無法完成任務，必須用他們的財產來抵償，沒有財產的就會被關入監獄。

100多年後，菲律賓改由西班牙國王委任的總督選派省長進行直接統治。總督擁有許多特權，但權勢不如大主教。西班牙傳教士掌握了菲律賓政治、經濟和文化教育的大權，甚至還能干預總督和各級殖民官員的任免，同時他們通曉當地語言，人數也超過民政官員。他們還霸佔大片土地，掠奪人民財富，強迫人民繳納教會稅，強制菲人接受天主教，否則以異教徒罪名處死。

西班牙人還控制了菲律賓的對外貿易，規定貿易對象只能是中國和墨西哥，並且只有西班牙人才有權從事對外貿易。馬尼拉因為與阿卡普爾科(Acapulco)的商船貿易而取得商業上的優勢，中國絲綢和墨西哥銀的交易使西班牙人獲得暴利。

由於西班牙人的殘暴統治，使菲人陷入極度貧困中。在西班牙人統治菲律賓的333年中，菲人曾先後發動過72次起義。最早的一次起義發生在1589年，當時呂宋島北部卡加延河谷地區的人民，因不滿沉重的捐稅，奮起反抗，殺死了西班牙收稅官。此後，抗暴運動遍及伊羅戈、保和、雷伊泰和布拉干等地區。

到了1593年，菲律賓的總督戈梅斯•佩雷斯•達斯馬里涅斯(Gomez Perez de Dasmarinas)率領遠征隊準備攻打摩鹿加群島，船隊行至八打雁沿海時，划槳的中國人嘩變，殺死了睡在艙裡的總督，遠征隊被迫返回馬尼拉。1596年，西班牙殖民當局組織一支由240名西班牙士兵和1500名菲律賓基督徒組成的遠征艦隊，委派菲格羅亞為司令，前往攻打岷答那峨島上的馬京達瑙蘇丹國，他臨行前對士兵許下諾言，一旦攻克，島上的1萬名穆斯林將分給他們作奴隸。這支遠征隊來勢洶洶，他們在岷答那峨河口登陸，徒步直撲馬京達瑙首府。當地的穆斯林在坦帕坎(Tampacan)附近的叢林和沼澤地中設下了伏擊圈，當西班牙人進入伏擊圈後，穆斯林士兵全面出擊，與入侵者展開貼身搏殺，一位英勇的酋長烏巴爾(Ubal)刺死了菲格羅亞，遠征隊殘部狼狽逃回馬尼拉。為了報復西班牙人的入侵，1599年7月，馬京達瑙蘇丹西隆岡(Sirungan)組織一支擁有3000名士兵和50艘快速帆船組成的討伐軍，對班乃島、宿霧島和內格羅斯島上的西班牙據點發動了一連串的襲擊，燒燬了教堂，並俘虜800多名信奉基督教的菲律賓人押回岷答那峨島。翌年，馬京達瑙蘇丹國又出動70艘快速帆船，以4000名的兵力襲擊比薩揚群島。在班乃島的伊洛伊洛附近，回教徒與西班牙守軍展開激戰，擊斃了伊洛伊洛省長胡安•加西亞•德•西埃拉(Juan Garcia de Sierra)。

1602年2月，西班牙殖民當局委派胡安•加利納托艦長為總指揮，率領一支遠征隊再次攻擊蘇祿蘇丹國首府霍洛島，圍城3月屢攻不克，反被回教徒趕下海去。1603年因旅菲華人勢力逐漸茁壯，西班牙人乃對華人採取威脅和謀殺手段，用以壓制華人的勢力，中國人雖遭幾次大屠殺，但仍迅速建立了商業上的優勢。同年和1606年，西班牙艦隊與荷蘭人爭奪蒂多雷等島嶼，曾兩次攻擊蘇祿群島，但都未能攻克。此後大約有20年時間相安無事，直到1627年西班牙人才再度進攻霍洛島，翌年和1630年又先後出兵，但最終不能打敗島上的穆斯林。

經過幾次失敗，西班牙總督胡安•塞雷索•薩拉芒卡接受了耶穌會傳教士的建議，決定避免和穆斯林軍隊正面衝突，在岷答那峨島無人防守的三寶顏建立軍事據點，伺機出擊。1635年4月6日，胡安•德•恰韋斯艦長帶領300名西班牙士兵和1000名菲籍基督徒在三寶顏登陸。同年6月23日修築了一個堅固的石堡，命名為皮拉爾堡，它是由耶穌會修道士、工程師梅爾喬•德•韋拉(Melchor de Vera)神甫設計的，防守堅固。西班牙人可利用這座堡壘控制菲律賓的貿易航道，截擊穆斯林船隊。

1636年12月，馬京達瑙蘇丹庫拉律特(Kudarat)的弟弟塔加爾(Tagal)帶領船隊偷襲了比薩揚群島，俘虜了許多基督徒。同月21日，穆斯林船隊返航途經三寶顏時，遭到西班牙艦隊的攔截，雙方在莫羅灣東部展開激戰，塔加爾陣亡，穆斯林船隊被殲，基督徒戰俘被解救。這次海戰的勝利，重新燃起西班牙人征服馬京達瑙蘇丹國的慾望。翌年2月2日，科庫埃拉(Corcuera)總督率領一支遠征隊離開馬尼拉來到三寶顏，當地3個連的西班牙守軍加入了他的遠征隊。次月13日，西班牙軍隊在岷答那峨島的大河河口登陸，圍攻有2000名穆斯林守軍的馬京達瑙蘇丹國首府萊米坦。庫達律特蘇丹親自指揮首府保衛戰，經過一天一夜血戰，穆斯林守軍損失慘重，被迫放棄首府，退守伊利漢山要塞。同月18日，西班牙軍隊對這個要塞發動猛攻，庫拉律特蘇丹一臂中彈受傷，但仍帶殘部殺出重圍。他的妻子懷抱一個嬰兒跳過了懸崖，奇蹟般地逃脫了。同年5月24日，科庫埃拉回到了馬尼拉，休息幾個月後，又開始著手準備征服蘇祿蘇丹王國。翌年1月4日，他帶領600名西班牙士兵和1000名菲籍士兵，分乘80艘戰艦，向霍洛島發動了非常猛烈的進攻，邦素(Bungsu)蘇丹率領4000多名穆斯林戰士英勇抵抗了3個月，直至同年4月17日，才被迫放棄首府，退入內地。

穆斯林雖然受到挫折，但並不屈服。1639年，西班牙殖民者出兵深入拉瑙湖地區，企圖征服環湖分散的馬拉瑙族部落，許多部落的酋長打算求和，庫拉律特蘇丹趕到環湖地區，把他們組織起來，共同對抗入侵者。結果環湖一戰，打得西班牙人幾乎全軍覆沒。在此後的200年間，西班牙人幾乎不敢進入拉瑙湖環湖地區。但是，佔據霍洛的西班牙人依然十分強大，庫拉律特蘇丹只好派人向荷蘭人求援，荷蘭殖民者出於自身的利益，答應了蘇丹的要求，派艦隊前來助陣，使穆斯林得以在1646年重新奪回了霍洛島，將西班牙人趕回馬尼拉。

1649年，在薩馬島的巴拉帕爆發了由蘇木羅伊領導的大起義，反抗米薩米斯省的西班牙人徵調居民遠離家園到甲米地船塢建造大帆船。起義者殺死了巴拉帕鎮的耶穌會傳教士，焚燒了教堂。起義迅速擴大到亞眉、南甘馬等地，總督調動了大批軍隊前來鎮壓，並以重金懸賞蘇木羅伊的首級。起義軍在山區修建堡壘，據守了一年才被鎮壓下去。

1660年，邦板牙省的菲律賓人又起來反抗殖民者征派伐木造船的苦役，在酋長曼尼王古的領導下發動起義。同年12月，邦阿西楠省爆發了由馬朗領導的農民起義；伊羅戈省也爆發了由阿爾馬贊領導的農民起義。各路起義軍席捲了呂宋島北部。馬朗領導的起義軍處決了邦阿西楠省的西班牙省長，並自立為王，組織了政府，任命了各級官員。翌年，馬朗和他的部將被西班牙軍隊擊斃，起義再告失敗。

1662年，鄭成功收復了被荷蘭人佔據的台灣，並打算攻打菲律賓。西班牙人聽到風聲後大為震驚，只好放棄了孤軍守衛的三寶顏要塞，撤軍回守呂宋島，集中兵力防備鄭成功。1712年，西班牙王室頒布了不再分封領地的法令，並逐步廢除領地制度，建省一級殖民統治機構，各省設省督一名，由總督委任，掌有各省司法、行政、監督稅收等大權。省以下設鎮和鄉，鄉是最基層的殖民行政機構，鄉長可以由當地酋長擔任。

1719年4月1日，西班牙軍隊在三寶顏登陸，重修城堡。這項工程歷時兩年多，除了修復和加固石堡外，還增加了3個砲壘和石砌的護城牆，並屯以重兵，使這裡再度成為征服菲律賓南部穆斯林的前沿陣地。1719年，蘇祿蘇丹國出兵三寶顏，試圖趕走西班牙人，但始終無法攻克堅固的堡壘。1721至1723及1731年，西班牙軍隊曾經4次向霍洛島發動殘酷進攻，每次雖然都取得了勝利，但最終卻無法在島上站穩腳根，更無法建立起殖民點。同時，蘇祿群島和岷答那峨島的穆斯林也常常組成聯軍，向比薩揚群島出擊，攻打西班牙據點，並俘虜大量基督徒。再加上這兩個穆斯林國家商業發達，與中國有密切的貿易往來，他們可以用豐富的商品，從盤踞在印尼群島上的荷蘭人手中換回大量新式的武器，所以西班牙人在戰鬥中也佔不到便宜。1737年，西班牙殖民當局只好和蘇祿蘇丹國簽訂停戰協議，規定西班牙人承認蘇祿蘇丹國是一個獨立的主權國家。但同時又規定，締約雙方如有一方遭到外來敵對勢力攻擊時，另一方應立即予以支援，這一條款為日後西班牙人干涉蘇祿內政提供了藉口。

18世紀40年代，蘇祿蘇丹國內一些經商的大貴族，憑藉雄厚的經濟實力，對蘇丹的統治地位構成了很大威脅。新任蘇丹阿里木丁(Alimud Din)一世即位後，力圖加強中央集權，著手組建直屬於蘇丹指揮的海、陸軍，發行新貨幣，編纂新法典，削弱貴族的權力，結果遭到貴族們的反對。阿里木丁一世為了鞏固自己的地位，採取了親西班牙的政策。1742年，他為了對付堂兄薩卜都拉(Sabdula)的謀反，親自到三寶顏請求西班牙人出兵鎮壓叛亂。1744年，他又率部參加了西班牙軍隊對婆羅洲的征戰。1747年，他接受了西班牙國王的請求，允許耶穌會修道士到他的宮廷傳教，他本人也改信天主教。這些舉動激怒了穆斯林貴族和平民。他的兄弟班第蘭(Bantilan)起兵造反，阿里木丁一世只好帶著家屬和少數侍從逃到三寶顏，後來又被送到馬尼拉，受到西班牙總督胡安•德•阿雷切德拉的熱情款待。與此同時，班第蘭被穆斯林推選為蘇丹，他把島上的修道士全部趕走。

1751年，西班牙軍隊試圖在霍洛島登陸，遭到穆斯林的頑強抵抗，惱羞成怒的西班牙總督發布了滅絕穆斯林的命令，規定遠征軍可以焚燬所有的穆斯林村莊和船隻，凡被俘的年老或殘廢的穆斯林一律殺死，被俘的12歲以下、30歲以上的穆斯林男子和婦女全部作為奴隸，12歲以上、30歲以下的穆斯林戰俘交給殖民當局處理，西班牙士兵擄掠的財物全部歸私人所有。殖民當局的命令使蘇祿群島的戰鬥更加激烈，西班牙艦隊的砲火吞噬了一個又一個穆斯林村莊，西班牙士兵見人就殺，見物就搶。穆斯林人仍然頑強抵抗，使西班牙人損失慘重。同時，岷答那峨島上的穆斯林利用西班牙人後方空虛的機會，組織船隊北上，襲擊了比薩揚群島和呂宋島南部地區，使西班牙人顧此失彼，最終被迫撤軍回防。

1756年，英、法兩國為了爭奪海上霸權開始了長達7年的戰爭。1761年8月25日，西班牙和法國簽訂了「家庭盟約」，正式捲入7年戰爭。翌年7月2日，英國正式向西班牙宣戰，海軍少將科尼什(Cornish)被任命為英國入侵菲律賓遠征軍司令。次月1日，科尼什率領包括皇家陸軍第79團在內的6800多名官兵，分乘13艘戰艦開赴菲律賓。當時駐守在菲律賓的西班牙人還終日沉醉在享樂中，他們不相信英軍會跨海遠征。同年9月22日，當英國艦隊出現在馬尼拉灣時，西班牙守軍還誤以為是中國商船隊。當他們明白真相後，頓時一片慌亂。次日，英軍在馬尼拉城南登陸，佔領了馬拉特教堂。同月24日，馬尼拉城基本上被英軍包圍。第二天，城內西班牙代總督羅霍大主教召開由政府首長、高級軍官和主教們參加的聯席會議，會上軍官主降，主教主戰，相持不下。10月3日，一支來自邦板牙的菲律賓部隊，對英軍營地發動突擊，殺死許多英國人，但很快被優勢的英軍援兵擊潰，有60名菲律賓戰俘被槍決。堅決主戰的大法官安達乘亂溜出馬尼拉，到各地重振殘部抵抗英軍。第二天英軍整天砲轟馬尼拉，第三天清晨英軍從炸塌的缺口中衝入城內，羅霍大主教眼見大勢已去，被迫在聖地亞哥教堂掛上白旗。同月6日他簽署投降文件，並賠償軍費400萬披索，英軍則保證西班牙人的生命安全，並釋放被俘的西班牙軍官。

馬尼拉失守後，在邦板牙的安達大法官否認馬尼拉投降文件的合法性，自行宣布代理總督，並在巴科洛爾(Bacolor)建立了抵抗中心。同年12月20日至25日，安達害怕巴科洛爾的華僑嚮應英軍的進攻，藉口華僑密謀造反，在6天時間內屠殺了6000多名華僑，這一年的聖誕節被稱作「血腥的聖誕」。英國人原以為佔領了馬尼拉就可以控制菲律賓，但安達大法官在呂宋島組織了許多游擊隊，不斷破壞英國的糧食供應線，不時發起騷擾性進攻，使英軍只能盤踞在馬尼拉和附近的郊區，無法將勢力擴張到菲律賓各地。

1762年底，英、法間的「七年戰爭」結束。翌年2月10日，英國和西班牙簽訂了巴黎和約。1764年4月上旬，英軍根據和約的規定撤出了馬尼拉，英、西之間的戰爭狀態宣告結束。英軍佔領馬尼拉為時雖短，但卻使菲律賓人看到西班牙殖民政府的虛弱，因此提高了爭取自由獨立的信心。1769年，一支穆斯林船隊大膽駛入馬尼拉灣，襲擊了位於馬尼拉砲台射程之內的馬拉特鎮，燒燬了房屋，抓走了20多名西班牙人。

19世紀初，拉丁美洲各國的西班牙殖民地爆發獨立革命。1821年，墨西哥擺脫西班牙獨立，這使得菲律賓和墨西哥間的大帆船貿易陷於停頓狀態，嚴重影響了西班牙王室的財政收入。西班牙殖民者開始在菲律賓實行經濟改革，讓菲律賓農民種植歐洲市場所需要的煙草、甘蔗、香蕉和可可等經濟作物，並實行煙草專賣。這使得菲律賓出現了專門種植某種經濟作物的大種植園。1834年，馬尼拉港正式對外開放，英、美、法和丹麥等國的商人紛紛前來開設商行和貿易公司。翌年大量福建籍華人也移民菲律賓，並取得經濟上的優勢。

1843年，西班牙迫使岷答那峨島上的馬京達瑙蘇丹割讓三寶顏西部，翌年又要挾蘇丹放棄對大堡灣地區的主權。對蘇祿群島上的穆斯林，西班牙人採取了逐島推進的戰略。1845年，他們在巴西蘭島上建立了伊莎貝拉堡壘，作為控制蘇祿群島的據點。1848年2月16日，西班牙人首次使用汽船對巴蘭金吉島發起進攻。在這個面積不足16平方公里的小島上，穆斯林武裝憑藉兩個築有高牆的石堡頑強抵抗。久攻不下的西班牙人調來重砲，轟開石堡的高牆，衝入堡內。第一石堡的穆斯林先殺死自己的家屬，然後奮力死戰，直至100多名守軍全部戰死為止。接著，西班牙人用火攻的辦法，燒死了守衛第二石堡的340名穆斯林。隨後，西班牙軍隊在島上大肆搶劫，掠走了66門火砲和大批的絲綢及金銀珠寶，砍伐了8000多株椰子樹，並燒燬了島上的所有房屋。

1849年5月29日，英國人利用蘇祿蘇丹急於爭取外援對付西班牙人的心理，與他簽訂了一個條約，內容規定蘇祿受英國保護，非經英國同意，蘇祿蘇丹不得將領土割讓給別國；此事引起西班牙人的抗議。1850年12月20日，菲律賓總督烏爾維斯唐多決定先下手為強，親自率領一支由600名步兵和100名砲兵組成的軍隊，直撲蘇祿蘇丹國首府霍洛港，雙方激戰數日，西班牙軍隊未能突破穆斯林武裝的防線，只好先撤回三寶顏。翌年2月12日，4000名西班牙援軍抵達三寶顏。同年月27日，西班牙軍隊在艦砲掩護下登陸和樂港，分兵攻城，經過反覆搏鬥，城內主要的蘇丹堡失守，守堡300多名回教軍全部陣亡，西班牙軍隊也付出100多名的死傷代價。最後，菲律賓回教徒被迫棄城逃入山中。同年4月30日，蘇祿蘇丹賈馬盧勒•阿拉姆被迫和西班牙簽訂條約，承認西班牙的宗主權，懸掛西班牙國旗，並放棄與外國單獨締約的權利。西班牙軍隊在返航途中佔領了岷答那峨島一個河口，建立了據點，留下兵力駐守，為日後征服馬京達瑙蘇丹國奠定了基礎。

1855年後，西班牙人陸續開放了伊洛伊洛、蘇瓦爾、三寶顏、宿霧、勒加斯比和塔克洛班等6個港口，對外貿易額大幅度增長，大批外國商人湧到馬尼拉，開始在菲律賓投資經營甘蔗、煙草等農產品種植業和交通運輸業。1861年，馬京達瑙蘇丹在西班牙人強大的軍事進攻面前，也被迫承認西班牙的宗主權，西班牙人開始在岷答那峨島上建立殖民統治。但是，西班牙人實際上管轄的範圍局限在有重兵扼守的地區，廣大的內陸地區，特別是岷答那峨湖周圍的馬拉瑙人，西班牙法律根本無法行使。

蘇祿蘇丹國臣服西班牙後，對外貿易依然非常繁榮，許多外國商人紛紛雲集此地做生意。1860年，西班牙宣布禁止外國商人和蘇祿直接通商，規定外國商船必須先到三寶顏港交付港口稅後，才能領證到霍洛港進行貿易。英、德兩國不承認西班牙獨佔蘇祿貿易的權利，德國還不顧西班牙人的封鎖，派船運軍火供給蘇祿蘇丹。1876年2月5日，馬爾坎波(Malcampo)總督帶領9000名士兵，在擁有2艘砲艦、10艘汽船和11艘運輸艦的艦隊掩護下，直撲霍洛港。同月22日，西班牙軍隊在霍洛港登陸，穆斯林武裝英勇抵抗，雙方激戰一週。同月29日，西班牙軍隊用火砲轟開了主堡，蘇祿蘇丹率殘部棄城退到附近的塔普爾(Tapul)堡壘。在此後的一個月裡，西班牙軍隊先後攻克了塔普爾、拉帕克(Lapak)、班昂(Parang)等重要堡壘。蘇祿蘇丹被迫退入內地的邁姆奔(Maymbung)。西班牙在蘇祿屯集重兵，準備長期戰爭。1878年7月，蘇祿蘇丹對戰勝西班牙喪失了信心，乃與西班牙簽訂和約，承認蘇祿是西班牙的保護國，內政自治，外交由西班牙支配。

1884年2月，蘇祿蘇丹巴達魯丁(Badarud Din)去世。西班牙人要求法定繼承人亞米魯爾•吉拉姆(Amirul Kiram)前往馬尼拉受封，以體現西班牙的宗主國地位，遭到拒絕。西班牙總督便將哈倫酋長召到馬尼拉，冊封為蘇丹，並於1886年底派兵護送他返回霍洛。翌年2月，3000多名穆斯林武裝圍攻霍洛，反對哈倫蘇丹。同年4月16日，西班牙軍隊對邁姆奔和塔普爾進行報復性襲擊，摧毀了這兩個要塞，有近400名穆斯林戰死。此後戰事斷斷續續，給西班牙人造成了很大麻煩。1894年，西班牙人不得不解除哈倫的蘇丹職務，亞米魯爾•吉拉姆終於重登蘇丹寶座，他表示願意繼續遵守1878年條約。奮起反抗外國侵略者19世紀下半葉，留學在歐美的一些菲律賓知識分子如何塞•黎剎(Jose Rizal)、馬塞洛•德爾•皮拉爾(Marcelo del Pilar)、格拉西亞諾•洛佩斯(Graciano Lopez)和安東尼奧•盧納(Atonio Luna)等人發起宣傳運動，要求對菲律賓的政治、經濟、文化進行改革，主要內容是要使菲律賓成為西班牙的一個省，並在議會中擁有席位；菲律賓人和西班牙人在權利上平等；菲律賓人應有言論、出版、集會和結社等自由權利。1889年1月12日，菲律賓愛國者和西班牙的一些自由主義者在西班牙首都馬德里組織了「西班牙菲律賓協會」，創辦了「團結報」，揭露西班牙在菲律賓的黑暗殖民統治，要求驅逐修道士，並在菲律賓實行民主改革。

這個運動傑出人物黎剎的政治小說「不許犯我」影響很廣，他於1892年6月回到馬尼拉，並於翌年7月3日創建了菲律賓聯盟，從事革命活動。加盟的除了知識分子和工人農民外，也有地主和資產階級改革派的代表，他們主張把菲律賓統一成為一個強大的各民族共同體，以促進工、商、農業的發展，通過合法途徑爭取有限度的民族權利，不主張用暴力。不久遭到殖民當局取締，黎剎於同月7日被捕流放到岷答那峨島西北部的達比丹。當晚聯盟成員安德烈斯•博尼法西奧(Andres Bonifacio)在馬尼拉工人區秘密集會，創建了革命組織「卡蒂普南」(Katipunan)，又稱「菲律賓兒女協會」，主張驅逐西班牙殖民者，菲律賓脫離西班牙獨立。

1894年4月，博尼法西奧在馬尼拉郊區山洞裡與主要幹部舉行秘密會議，通過募款籌械準備起義的決議。到了1896年初，已擁有10萬多名會員，在呂宋島中部、班乃島、民都洛島和岷答那峨島都設有支部，會員多係工農群眾。同年6月派人到達比坦會見黎剎，請他擔任起義總指揮，但黎剎認為時機未至而加以拒絕。同年8月19日因叛徒告密，許多重要文件被破獲，大肆搜捕革命會眾，博尼法西奧潛往郊外的巴林塔瓦山召集緊急會議，決定提前發動起義。同月30日起義軍在馬尼拉附近的聖胡安鎮打響了第一仗，革命火焰迅速蔓延到馬尼拉附近的各城鎮。次日，佔領甲米地鎮，起義軍聲勢大振，戰火擴大到整個呂宋島，甚至馬尼拉、岷答那峨島、布拉干、邦板牙、新怡詩夏、打拉、八打雁和內湖等省也成了這次起義的主要地區。西班牙軍中的菲籍士兵也紛紛倒戈，參加起義隊伍。西班牙殖民軍、修道士和官吏到處被襲擊。同年11月10日，阿奎諾領導的青年革命軍在甲米地附近的比納卡揚戰役中，一舉擊潰西班牙軍隊。

同年12月13日，波拉維夏總督調集了2000多名援軍，開始對起義者進行瘋狂的鎮壓，並在馬尼拉成立了軍事法庭，每天要舉行數十次的幡判，殺害了大批起義者。12月30日，曾經積極宣傳和平改革而又拒絕參加武裝起義的黎剎，也被軍事法庭以煽動暴亂和成立妨害治安團體等罪名判處死刑。殖民者的大規模屠殺，激起了菲律賓人民更強烈的憤怒，特別是黎剎的死使菲律賓人覺悟到只有脫離西班牙實行民主獨立，國家才有出路。黎剎死後不久，國內就出現了把黎剎奉為神靈的新宗教黎剎教，這種宗教把愛國主義和各種宗教教義中的復興理想結合起來，使之成為引導菲律賓人走向獨立的精神支柱。

1897年2月14日，波拉別夏總督調集了3.6萬名西班牙殖民軍，向起義中心的甲米地省大舉進攻，在同月17日的薩波特橋血戰中挫敗了起義軍。同月28日，阿奎納多5000名起義軍所據守的佩雷斯•達史馬里納斯(Perez Das-marinas)，遭到西班牙軍的猛烈攻擊，雙方酣戰數日，起義軍退守薩利特蘭，3月7日被攻陷，西軍進迫起義軍大本營伊穆斯鎮並派使招降，聲稱放下武器既往不究。同月22日，起義軍高層領導人在特赫羅斯鎮集會，一致拒絕投降，並決定成立菲律賓共和國，阿奎納多在甲米地省地方勢力推舉下當選為總統，「卡蒂普南」創始人博尼法西奧只當選為內政部長，他一怒之下以會議主席身分宣布本次會議無效，帶領45名隨眾前往八打雁省另組新政府，阿奎納多於次日率新政府成員在聖克魯斯•德拉馬翁女修道院舉行就職儀式。

革命陣營的公開決裂使起義軍力量削弱，因此西軍攻克了伊穆斯鎮，並迅速佔領了諾維萊塔、巴科奧爾、卡維特、比納卡揚和聖克魯斯。同年10月6日，西班牙軍隊再克聖弗朗西斯科。同月28日，阿奎納多突然派兵包圍博尼法西奧住所，他因拒捕受傷，被以企圖推翻革命政府的罪名判處死刑，後改無期徒刑流放遠方，但後來在流放途中被秘密槍決。

博尼法西奧被害後，起義軍在西班牙援軍攻擊下不斷受挫。同年5月18日，新總督普里莫•德•里維拉將軍率領1.8萬名西班牙殖民軍，攻克了甲米地省起義軍的最後據點馬拉貢。阿奎納多率領起義軍殘部向八打雁轉移，並和那裡的起義軍領袖米蓋爾•馬爾瓦爾(Miguel Malvar)的部隊會合。然後北上，於同年8月初到達布拉干的破石洞，並在那裡設立革命總部。次月，起義風暴再席捲整個呂宋島，那些曾一度被西班牙軍隊佔領的地區又燃起戰火。里維拉總督感到要鎮壓起義軍已經越來越困難，乃於同年10至12月，多次派代表前往破石洞與起義軍商談停戰條件，答應放下武器的起義者將獲得大赦，傷亡的起義者家屬獲得90萬披索賠償金，阿奎納多和他的高級同僚可自動流亡香港，西班牙政府將提供一筆鉅款作為生活費。阿奎納多竟答應而簽下破石洞條約，並於同月27日率領40名親信前往香港。

阿奎納多雖然投降了，但菲律賓人民反抗西班牙殖民統治的戰鬥仍然沒有停止。許多地區的起義軍不承認破石洞條約。1898年2月，宿霧島發生了由列昂•吉拉特領導的農民起義。次月，班乃島的知識分子組織了「密謀者委員會」，展開武裝鬥爭。同年4月14日，馬卡布洛斯在打拉省召開大會，決定重整旗鼓，再次起義，並建立中呂宋革命執行委員會，頒布了泰加洛文憲法。

不久後，因為古巴獨立問題，西班牙和美國宣戰，美國亞洲艦隊駛進馬尼拉海面援助菲律賓起義軍，並因停在哈瓦那的敏恩號艦被當地西班牙殖民軍炸沉而準備進攻馬尼拉。美國亞洲艦隊司令杜威准將在香港力勸阿奎納多返菲律賓重新發動反西班牙戰爭，並稱美國將助菲律賓獨立。同年5月1日，美國艦隊在馬尼拉灣一舉擊敗西班牙艦隊，因缺乏陸戰隊支援，故無法立即佔領馬尼拉。

同月19日，阿奎納多和他的13名親信乘美艦返菲，很快組織了1.2萬名軍隊，並發表宣言，號召菲律賓人拿起武器驅逐西班牙人，戰火蔓延全境，起義軍包圍了馬尼拉。同年6月12日，阿奎納多在甲米地省加威特鎮發表獨立宣言，宣布成立菲律賓共和國，並於同月23日組成中央革命政府。

同月30日，第一批美軍在韋斯利•梅里特將軍率領下於甲米地登陸。同年7月，第2批和第3批美軍也先後到達。同年8月7日，美軍向馬尼拉的西班牙守軍發出最後通牒，要求守軍在48小時內投降。同月13日美軍攻克馬尼拉，開始搶佔城池並布防，以阻菲律賓軍隊入城。午後有4000多名菲軍衝向美軍防線，梅里特將軍電告駐在巴科奧爾的阿奎納多，要求他下令菲軍不要強行進入城內，菲軍乃暫時後撤。雙方經過初步談判，結果是菲軍撤離馬尼拉郊區，非武裝菲人可以出入馬尼拉。次日，梅里特將軍以菲律賓軍事總督身分發表公告，宣布成立軍政府，任命一批美軍將領擔任馬尼拉憲兵司令、警察局長、財政局長和海關監督。

同年9月10日，菲律賓革命政府鑑於和美軍關係日趨緊張，決定將指揮部遷到布拉干省的馬洛洛斯鎮。同月15日，阿奎納多在馬洛洛斯的巴拉索艾恩教堂召開革命國會，選出136名議員，同月29日，國會任命以費利佩•卡爾隆德為首的憲法委員會，開始起草憲法。同年11月29日，國會通過了新憲法。到了同年12月10日，美國和西班牙簽訂了巴黎和約，條約規定西班牙將菲律賓轉讓給美國統治，美國則付給西班牙2000萬美元的轉讓費。

1899年1月4日，美國發表在菲律賓擁有主權的「開明同化宣言」，聲明要將統治權伸向整個菲律賓群島。次日，菲律賓政府發表聲明，強烈抗議美國對菲律賓的侵略。同月9日，美國開始和菲律賓革命政府進行談判。由於美國堅決不承認菲律賓共和國政府，使談判陷入僵局。同月21日，阿奎納多正式頒布憲法。並於同月23日當選為共和國總統，馬比尼被任命為內閣總理兼外交部長。同月29日，美菲談判破裂。雙方的軍事衝突已無法避免。

次月4日晚8時，美軍哨兵打死1名菲律賓士兵，這成為美菲戰爭的導火線。次日，菲律賓共和國正式向美國宣戰。同年2月22日，盧納將軍率領的菲律賓軍隊一度攻入馬尼拉，後因美軍以優勢的火力反擊，才被迫退出馬尼拉。次月，美軍大舉增兵，以兩個陸軍師和一個陸戰旅的兵力，分兵三路進攻菲律賓共和國臨時首都馬洛洛斯。同月31日，馬洛洛斯失陷。次月10日，美軍佔領了聖克魯斯。後來，美軍又連接佔領了聖托馬斯、聖費南多、聖伊西德羅和安加特等戰略重鎮。同年5月5日，美國政府授權以文官舒爾曼為首的「菲律賓委員會」，建議在菲律賓建立一個帶有自治性質的政府，由美國人擔任總督，總督有權任命內閣成員，菲律賓人也可以進入內閣。阿奎納多接受了這項建議，改組了以馬比尼為首的主戰派內閣，並暗殺了主戰派將領盧納將軍。他還派代表團前往馬尼拉和美軍談判，由於美軍堅持要菲律賓軍隊放下武器後才能進行和平談判，雙方的會談再次失敗。

會談期間，菲律賓軍隊在馬尼拉南部的拉斯比尼亞斯至蒙廷盧帕建立了一條堅固的防線，它由一系列縱橫交錯的戰壕組成，共有3000多名士兵駐守。同月12日，美軍勞頓將軍指揮車兩個旅進攻這條防線，結果打了大敗戰，美軍陣亡898人。為了挽回面子，勞頓將軍重整軍隊，補充兵員，在砲艇掩護下，終於攻克了這道防線。同年10月，美軍佔領呂宋島大部分城鎮，抓獲了包括議會主席、內政部長和外交部長在內的許多菲律賓政府官員。次月12日，阿奎納多在巴亞姆邦召開會議，決定把全國分成若干個軍區，正規軍分散到各區進行游擊戰。游擊隊採用化整為零，打了就跑的戰術，給美軍製造很多麻煩。同年12月19日，勞頓師長帶領一支美軍騎兵隊在聖馬特奧附近的馬里基納河與赫羅尼莫領導的一支游擊隊狹路相逢，勞頓師長在混戰中被一名菲律賓神槍手擊斃。

1900年6月21日，新任軍政總督麥克阿瑟將軍頒布了大赦公告，所有參加過反美武裝鬥爭的菲律賓人，只要在90天內放下武器，簽訂一份自首書，就可以獲得大赦。美軍還釋放一些被俘的菲律賓政府官員。這一舉動使許多游擊隊員紛紛放下武器。翌年1月8日，阿奎納多派密使帶親筆信到呂宋島中南部，要求那裡的游擊隊增援他的根據地巴蘭南。但是，這位信使在新怡詩夏被美軍捕獲。同年3月14日，美軍在卡斯古蘭海灘登陸，捉到阿奎納多，並押返馬尼拉，在馬拉坎南宮受到麥克阿瑟款待，竟宣誓效忠美國，並於1901年4月19日發表宣言，規勸菲律賓人接受美國統治，停止流血鬥爭，結果馬尼拉周圍地區有1500多名游擊隊員放下武器，伊洛弋地區游擊隊領袖蒂尼奧宣布投降。到了同年8月，國內大部分地區菲軍將領也先後率部解除武裝，菲律賓共和國為之消失。阿奎納多從美國處獲得一筆豐厚的津貼後退隱，而美國也鞏固了往後45年對菲律賓的統治。