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==終獲獨立自主==
1945年3月3日美軍光復馬尼拉，麥克阿瑟將軍恢復菲律賓的自治政府，這時奎松已逝世，由副總統奧斯梅納出任總統，麥克阿瑟則扶持曾與日本人合作、又與美軍諜報機構有聯繫的羅哈斯為參議院議長。阿奎納多則被捕，以勾結日本人罪名被囚禁數月，後由總統特赦獲釋。同年7月在美軍協助下，菲律賓自治政府完全接管了國內統治權。同年10月24日，菲律賓加入聯合國為創始會員國。同年11月10日是「泰丁斯•麥克達菲法案」中所規定菲律賓結束自治的最後限期，美國總統杜魯門表示要遵守承認菲律賓獨立的諾言。同年12月，美國國會宣布菲律賓將於1946年舉行獨立前的總統大選。同年4月23日，自由黨候選人曼努埃爾•羅哈斯以54%微弱多數選票，當選為菲律賓自治政府的最後一任總統，季里諾為副總統。
同年7月4日的美國獨立紀念日，在禮砲齊鳴的歡呼聲中，30萬菲律賓人齊集在馬尼拉魯尼塔公園舉行隆重的獨立慶典，美國政府代表和首任駐菲大使麥克納特(Mcnutt)、美國遠東軍司令麥克阿瑟將軍、美國國會議員代表團團長泰丁斯參議員，以及27個國家和地區的使節與代表出席了這次慶典活動。上午9時15分，麥克納特大使宣讀了菲律賓獨立宣言書，隨後在星條旗歌聲中緩緩降下美國國旗。羅哈斯總統緊接著升起了菲律賓國旗，在場的菲律賓人高興得亂成一團，眼裡含著淚珠歡呼起來。隨後，羅哈斯和季里諾宣誓就任菲律賓共和國首任正、副總統。羅哈斯總統宣告：「我們的獨立是我們引為自豪的東西，是我們的光榮，我們要用生命來保衛自己的國家。」隨後，在讚美歌聲中，宿霧大主教雷埃斯(Reyes)做閉會祈禱，一個五光十色的民眾大遊行結束了這次歷史性的盛會。
羅哈斯(Nanuel Roxas)出任菲律賓總統後接受美國苛刻的要求，讓美國的「貝爾法案」延長與菲律賓的自由貿易8年，並給美國人和菲律賓人平等的開發菲國資源的權利，對本國企業橫加限制，使美國商人得到特殊利益。為了爭取美援，他租借克拉克空軍基地(Clark Air Force Bsae)和蘇比克灣海軍基地等23個軍事基地給美國使用，租借期限為99年，但這些軍事基地的租借協定，卻成為後來美菲關係摩擦的主要原因。他還濫用地方軍警權力，結果召致農民的普遍不滿，而使虎克黨和新人民軍勢力興起。
1948年4月15日，羅哈斯總統在克拉克空軍基地向美國空軍官兵發表演說時，因心臟病突發去世，由副總統季里諾(Elpidio Quirino)繼任總統。他就任後鎮壓持不同立場的政見者，進行欺騙性選舉，偽造選民名冊，以舞弊手段於1944年當選為總統。同年9月1日，美國顧問團推薦拉蒙•麥格塞塞(Ramon Magsaysay)出任國防部長，他進行了近代史上最成功的反游擊戰，使虎克黨游擊隊不再為患，但他的激進政策招來許多政敵，最後被迫辭職。

1951年8月10日，菲律賓與美國簽訂互助防衛條約。1953年大選，麥克塞塞當選為第三任總統，上台後提出一系統經濟改革措施，並以廉潔著稱，堅決反對共產主義，在外交上親美，並使菲律賓於1954年9月8日加入東南亞公約組織，1955年參加萬隆會議。1957年麥克塞塞因空難逝世，由副總統卡洛斯•賈西亞(Carlos Carcia)繼任總統。

同年11月11日，賈西亞在總統大選中獲勝。他在第二次世界大戰日本佔領菲律賓期間，曾積極參加抵抗運動。他還是一位活龍活現的詩人和優秀的棋手，他鼓勵巴亞尼安民間舞蹈團到世界各國演出，藉以促進菲律賓文化的復興；還積極幫助本國學者到國外圖書館進行學術研究，並舉辦一年一度的共和國文化遺產獎，以獎勵有成就的菲律賓作家、畫家、雕刻家、音樂家和科學家。在外交上極端親美，與亞洲非共國家保持密切關係。在經濟上採取「菲律賓人第一」的政策，來幫助本國商人打破外國人對菲律賓商業的控制。1960年8月，他批准了米麥業菲化法案，規定非菲律賓公民不得經營米麥業。這一法案使1100多家華僑商人停止經營米麥業。由於華僑資本的大量撤出米麥業，菲律賓商人雖有政府給予低息貸款，卻無力迅速接替，造成運作失靈，米價飛漲，民眾叫苦連天，人心浮動，對政府失去信心，從而導致他在翌年舉行的大選中被趕下台。

1961年12月30日大選，迪奧斯達多•馬加柏皋(Diosdado Macapagal)當選為第五任總統。他是位口才雄辯的演說家，曾獲得過兩個博士學位，在競選時向全體選民許諾，他本人將以身作則，保證革除政府貪污腐化風氣，實行土地改革，不排斥華僑，爭取糧食自給，解決失業問題，恢復自由企業制度，取消外匯管制，如果執政後食言，任何國民得而誅之。所以，他一上台就開展反腐敗鬥爭，首先拍賣了馬拉坎南宮中價值2500萬美元的總統睡床和總統專用的「拉布拉布」號豪華遊艇，接著要求全體內閣成員呈交個人私產報告書。翌年1月，迅速組成土地改革委員會負責草擬土改法案。同月宣布取消外匯管制，停止進口配額制，開放披索對美元的匯率。國際貨幣基金組織提供5500萬美元作為穩定匯率的基金。同時，他還規定了吸引外資政策。1963年8月8日，土地改革法正式獲得國會批准，租佃制度被廢除，地主超過75公頃以上的土地將被政府徵用，分配給無地農民耕種。他還下令將原來7月4日的菲律賓獨立日改在6月12日，以紀念1898年阿奎納多將軍在卡威特宣布菲律賓獨立。

1965年11月菲律賓大選，馬可仕(Ferdinand E. Marcos)當選總統，他主張與美國就主要條約進行修改談判，並與共黨國家進行貿易。1966年將美國軍事基地租借期減短為25年，並於同年6月14日參加亞太理事會。1967年8月5日參加東南亞國家協會。由於馬可仕發展國內基層建設迭有成效，乃於1969年競選連任破例獲得成功。

根據憲法規定，任何人不得連任總統職務逾8年，馬可仕竟貪戀總統職務而企圖違憲，於1972年9月21日他連任已快7年時，藉口有人謀刺國防部長，乃頒布戒嚴法，鎮壓反對黨，逮捕反對黨人、新聞從業人員、學生及其他異議分子共數千人，包括當時他的頭號政敵前參議員艾奎諾(Benigno S. Aquino)在內，並給外國投資者以特權。同年11月29日，馬可仕公布新憲法，並於1973年1月16日經全民複決生效，他自任總統兼總理。同年7月27日，馬可仕又舉行全民複決，使他不需通過選舉而可無限期霸佔總統職務。從此民心思變，政治腐敗，貪污不斷，政府各貪官在瑞士開設秘密存款戶頭，收取工程國防各種賄款，招致南方爆發了摩洛民族解放陣線領導的分離主義者的叛亂。實施戒嚴法後，工人實際收入下降，從土地改革中得到利益的農民為數不多。

1975年6月9日菲律賓與中國建交，台灣於次月28日在菲設「太平洋經濟文化中心駐馬尼拉辦事處」，菲律賓則於1976年3月16日在台北設立「亞洲交易中心」。

1977年艾奎諾因被指控從事顛覆活動被判死刑，但在國內外的壓力下，馬可仕才下令重新審理艾奎諾案。1978年4月，馬可仕又連任總統，並於同年6月12日設立臨時國會，自兼總理，恣意作為。1979年，馬可仕又將美國軍事基地租借條件改為每5年檢討一次，並將基地管轄權收歸菲律賓政府。1980年，馬可仕在自認為已經掌握了國內穩固的統治權後，准許假釋艾奎諾隻身去美國作心臟手術，使其流亡美國。1981年1月17日馬可仕宣布解嚴，結束軍事管制，同年6月16日在反對黨杯葛下再度當選任期6年的總統。

1983年在美國的艾奎諾乘馬可仕病重，不理菲律賓第一夫人伊美黛(Imelda Marcos)的警告，為了能在翌年5月國會選舉前把反對黨聯合起來，毅然返國，但在8月21日抵達馬尼拉國際機場時被刺身亡，刺客也當場被軍隊擊斃，官方在死無對證的情形下宣稱係共黨分子所為，但卻不為群眾所好受，於是爆發了激烈的反政府運動。這一事件成為菲律賓政壇的轉捩點，使馬可仕的長期獨裁統治發生動搖。同年9月21日，數十萬群眾在馬尼拉市中心廣場上舉行聲勢浩大的反馬可仕集會，以紀念艾奎諾逝世一個月。自此菲律賓陷於政治大風暴中，馬可仕在兩年間一直無法改善國內經濟的崩潰、外資裹足不前、生民日益凋敝、叛亂事件不斷等情況，其政權之正當性也日漸受到質疑。甚至在過去一直支持歷屆總統的美國，也轉而支持反對黨。在這種內外交迫的情況下，特別是在美國的強大壓力下，他不得不於1985年11月3日宣布提早一年舉行總統選舉，企圖以選戰獲勝來證明其政治權力的穩固。

1986年2月7日的總統選舉中，反對黨推出艾奎諾遺孀柯拉蓉(Corazon Aquino)為總統候選人，因獲天主教教士及民眾的支持而聲勢浩大。選舉結果，馬可仕和柯拉蓉均宣告獲勝。同月15日，馬可仕得到選舉委員會的支持由國會宣告其當選。但民眾認為馬可仕在大選中作弊，因此在全國各地掀起了一股抗議馬可仕「當選」的浪潮。同月22日，國防部長安利爾(Juan Enrile)及副參謀總長羅慕斯(Fidel Ramos)也進行兵諫，不再對馬可仕支持。同月25日，馬可仕強行宣誓就任總統，可是幾小時後就逃離馬尼拉，群眾衝進總統府。次日，馬可仕自美國駐菲海軍基地乘美國飛機逃亡夏威夷避難，結束了他在菲律賓的20年統治。

柯拉蓉在馬可仕逃離馬尼拉後即出任總統，接掌政權，並得到美國的支持，隨即敉平了馬可仕支持者的動亂，以及同年11月間由國防部長安利爾所發動的政變。此後，她致力於國內的和解，實行自由經濟制度，但因政府內部權力分配不均，致引起不少矛盾，故在她任職期間，曾受到6次政變的挑戰。

1987年2月2日，菲律賓全民投票批准了新的憲法，准許她繼續擔任總統職務至1992年6月30日止，但不得連任。在同年5月11日的國會選舉中，親柯拉蓉的候選人獲得大多數席次，使她的地位更加穩固。但菲律賓回教徒的不斷要求更多的自治權，以及叛亂勢力的繼續增長，蔚為政治上的最大隱憂。同年8月28日，以霍納桑上校為首的軍人發動兵變，要求柯拉蓉辭職，重新舉行總統選舉，叛軍攻打總統府、國防部和電視台，忠於政府的部隊迅速反擊，經過30個小時的激戰，才平息叛亂。

1988年10月，馬可仕被美國聯邦檢察官以侵吞菲律賓國家財產罪名起訴，次年在夏威夷病逝，柯拉蓉總統發表聲明，對馬可仕去世表示哀悼，但禁止將其遺體運回菲律賓，引起了忠於馬可仕分子的強烈不滿。同年12月1日清晨，以霍納桑為首的「菲律賓軍隊改革運動」少壯派軍官，以及數千名海軍陸戰隊和突擊隊士兵，在坦克的掩護下發動兵變，在馬尼拉佔領了陸軍軍營、空軍基地、電視台及國際機場，並動用軍機連續轟炸總統府和武裝部隊總司令部，局勢非常危急，柯拉蓉總統乃請求美國協助平亂，美駐菲空軍出動了3架F-4C幽靈式超音速戰鬥機提供空中支援，自外省來的援軍也全力反攻，次第收復重要據點。同月6日，柯拉蓉總統宣布全國進入緊急狀態。次日，首都叛軍在「主動撤回兵營」的名義下向政府軍投降，歷經9天的兵變終告落幕，但已付出100多人死亡，500多人受傷的代價，這是柯拉蓉總統任期內的第6次政變，也是最嚴重的一次。

1989年12月20日，我駐菲律賓「太平洋經濟文化中心駐馬尼拉辦事處」，易名為「駐菲律賓台北經濟文化辦事處」，菲律賓在台北的「亞洲交易中心」也易名為「菲律賓經濟文化辦事處」。

1991年6月9日，位於呂宋島西南、海拔1436公尺的皮納圖博火山，在沉寂了600多年後突然猛烈爆發，成為20世紀規模最大的一次，其威力超過1980年美國聖海倫斯火山大爆發，四處飛揚的火山灰甚至落到東南亞和中國南方部分地區，造成343人罹難，317人受傷，39人失蹤，20萬人逃離家園，對環境也造成了災難性的危害，不但空氣污染、農田被掩埋、河道淤塞、森林毀壞，還使外國投資裹足不前，國家年度赤字又增加了68億多美元，使菲律賓的經濟跌落谷底。同年7月7日，菲律賓與我國簽訂了中菲海道通行協定暨濃漁業合作備忘錄；同時美國將克拉克空軍基地交還給菲律賓。

1992年1月2日，菲律賓又與我國簽訂關務合作備忘錄。同年2月28日，菲律賓再與我國簽訂中菲投資保證協定；美國將設在菲律賓最後的一個軍事基地蘇比克海軍基地交還給菲律賓。同年6月30日，由羅慕斯(Fidel V. Ramos)出任新總統。

1996年7月，菲律賓在馬尼拉與我國舉行第五屆部長級中菲經濟合作會議。同年10月28日，菲律賓又與我國簽訂中菲交換航權協定。同年11月，菲律賓主辦APEC各項會議及第四屆非正式領袖會議。

1997年3月13日，中菲簽署科技合作協定，進一步加強雙方科技發展關係。同年5月，菲律賓參加在台北舉行的第六屆部長級中菲經濟合作會議。

1998年6月30日，由艾斯特拉達(Joseph E. Estrada)當選為菲律賓第13任總統。他出身貧寒，年輕時從影後，一直扮演劫富濟貧的角色，廣受平民大眾的愛戴；但少年時好勇狠鬥，曾被學校開除，因此只有高中學歷，使許多知識分子看不起他。由於長期的影藝界生活，使得他習慣於醇酒、美人、賭博，當選總統後故態不改，經常在馬拉坎南宮內通宵狂歡，並公開承認有許多情婦和私生子，人民因此憎惡他，馬尼拉樞機主教也對他批評不遺餘力，副總統艾若育(Mag´apagá  Gloria Arroyo)也和他劃清界線，前總統柯拉蓉和羅慕斯也反對他。2000年10月5日，參議院反對黨領袖古因戈納指控艾斯特拉達收受鉅額賭博業主的賄賂。2001年1月19日，反對他的示威群眾聚集在馬尼拉的艾沙聖母瑪莉亞聖壇廣場上，連國防部長麥卡度和參謀總長雷伊斯也公開宣布不再支持他。次日上午11時左右，數萬名示威群眾兵分三路向馬拉坎南宮進發，將少數艾斯特拉達的支持者衝散，並有數人被打得頭破血流。十幾分鐘後，副總統艾若育在大法官的監誓下，宣誓就任菲律賓第14任總統。當日下午2時30分，艾斯特拉達偕同妻子，在隨從的簇擁下，搭乘總統平底船離開總統府的馬拉坎南宮，匆匆結束了他28個月的總統生涯。但因侵吞國家財產而於同年4月26日被捕下獄。2003年8月，艾若育丈夫被在野黨指控涉嫌貪污。

自1991年起，在菲律賓南部少數民族地區成立一個叫做阿布沙耶夫（意為「持劍者」）的反政府武裝組織，這個回教激進分子游擊組織的創始人阿布巴克爾是菲律賓人，曾在阿富汗恐怖組織奧薩瑪•賓拉登的基地裡接受過軍事訓練，聲稱要在菲律賓南部地區建立一個回教國家。這支反政府武裝活動範圍遍及巴西蘭島、蘇祿島、霍洛島和塔威塔威島，並且經常靠綁架外國人質勒索鉅額錢財來維持他們的恐怖活動。2000年3月，這個組織襲擊了馬來西亞一個旅遊勝地，綁架了21名人質，其中多係外國人，這些人質被扣達數月之久，一直到付了2500萬美元的贖金後才被釋放。

2001年5月，這個恐怖組織食髓知味，又在巴拉望島綁架了3名美國人和17名菲律賓人，多數菲律賓人在付了贖金後被釋放，少數付不起贖金的菲律賓人則慘遭殺害。美國加利福尼亞州遊客索貝羅不久後被斬首，另有馬丁和加茜婭夫婦兩人則被回教游擊隊恐怖分子繼續扣在手中，在2002年初菲律賓軍方展開營求行動的戰鬥中，馬丁和一名菲律賓護士中彈身亡，加茜婭則獲救。

同年6月，1200名美軍配合菲軍在菲律賓南部清剿和搜捕回教游擊隊分子，並突擊了恐怖分子在巴西蘭島及霍洛島的巢穴。同年8月19日，在霍洛島巴提庫爾公路上，一輛滿載8名男女乘客的汽車又被劫持，不久有兩名當地回教徒人質被釋放，另有兩名人質分別於同月21和22日被斬首。

進入2003年，回教游擊隊恐怖活動變本加厲，於同年3月4日在大堡市機場候機室發動炸彈爆炸的恐怖襲擊事件，造成19人喪生、114人受傷的慘劇。幾分鐘後，大堡市一個公共汽車站也發生大爆炸；同時臨近的塔古姆市一座政府大樓外也發生爆炸案，造成3個人受傷，使菲律賓全國陷入動蕩不安中。

2004年6月20日，艾若育當選連任菲律賓總統。2005年7月，艾若育被指控在2004年總統大選時打電話給選舉委員會官員，並有通話錄音帶作證，她涉嫌在大選中作弊。