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==遭受異族的黑暗統治==
十六世紀初捷克政局動蕩，國王只是徒有虛名的傀儡。一五一六年弗瓦迪斯瓦夫二世駕崩，由他兒子路德維希（Ludwig）繼承捷克和匈牙利兩國的王位。一五二六年十月，路德維希率捷克軍隊抗擊土耳其奧圖曼帝國的入侵，在匈牙利南部的莫哈奇（Mohács）戰役中戰死疆場，因無後代繼位，便由信仰天主教的哈布斯堡家族的奧地利皇帝斐迪南（Ferdinand）一世兼任捷克和匈牙利國王，從此捷克和匈牙利都被奧地利吞併，喪失了國家獨立地位，進入長達四百年的異族統治黑暗時期。

在斐迪南一世執政的三十八年中，哈布斯堡王朝把與土耳其奧圖曼帝國作戰的重擔轉嫁到捷克人的肩上，並利用天主教會勢力和政治權力壓迫他們。捷克貴族由於自身利益受損，也與異族統治者發生衝突。一五四六年，捷克各地的市民階級首次舉行反異族統治的暴動，但遭到血腥鎮壓，大批貴族和市民被迫遷居國外，市民階層在政治地位上的自由權被剝奪，禁止使用捷克文字，用捷克文出版的圖書被大量燒燬。

一五六三年，斐迪南一世的長子馬克西米連（Maximilian）二世成為匈牙利國王，次年父親去世，捷克也由他繼承，這位新君主是一位人文主義者，心地善良，同情路德派新教，尊重波希米亞貴族的宗教自由，並致力於天主教會的改革，在尼德蘭努力勸告天主教和新教和解。他在宗教問題上始終保持中立，使捷克政局穩定，經濟得以繁榮，養魚業、釀酒業和銀礦開採成為經濟支柱。一五七二年，他把匈牙利王位讓給兒子魯道夫（Rudolf）二世，一五七五年又把捷克王位也讓給他。翌年十月駕崩，由魯道夫二世繼承奧地利大公位和神聖羅馬帝國的皇位。

魯道夫二世登基不久就稱病隱居[[布拉格]]，早已不滿魯道夫二世在政治上軟弱無能的哈布斯堡大公們，乃逼他在一六一一年把捷克王位讓給弟弟馬提亞斯（Matthias）。

一六一七年，波希米亞天主教會違反魯道夫二世在詔書中所作宗教信仰自由的保證，封閉了布羅烏莫夫（Broumov）和赫羅布（Hrbo）兩個城市的新教教堂。翌年五月二十三日，新教權力保衛官在[[布拉格]]召開新教徒大會，公審神聖羅馬帝國派駐捷克的攝政官斯拉伐塔
(Vilém Slavata）和波里特（Jaroslav Borˇit），認為他們有破壞詔書的罪行，隨後就把他們兩人從赫拉德恰尼堡（Hradcˇany Castle）的窗戶扔了出去，這就是捷克歷史上有名的「扔出窗外行動」。這兩個命大的官員雖安然無恙，但它成為捷克人民反對哈布斯堡王朝起義的信號，同時也使新、舊教之間更陷入溝通困境，成為歐洲三十年戰爭導火線之一。
素以反對宗教改革而著稱的斐迪南二世，一六一九年繼承了神聖羅馬帝國、捷克及匈牙利的王位。以新教徒為主的捷克人憤然發動起義，波希米亞議會選舉出一個由三十名成員組成的執政團來管理國家，並另推選德意志新教聯盟首領腓特烈（Frederick）為捷克國王，由於腓特烈是英國國王詹姆斯一世的女婿，所以捷克人希望他們的行動能得到英國的支持，可是英國並未伸出援手。翌年十一月八日，起義軍在[[布拉格]]附近的白山戰役中被斐迪南二世擊潰，腓特烈流亡海外，二十七名起義領導人在[[布拉格]]廣場被處以絞刑。

這次起義的失敗，使捷克王室領地淪為哈布斯堡王朝的幾個省分，大多數官員都是由奧地利或德意志貴族充任，與這次起義有關係的所有捷克人的財產都被沒收，形成全國四分之三的田地被沒收，以極為低廉的價格賣給奧地利和日耳曼貴族。斐迪南二世還削弱了議會的大部分權力，宣布天主教為唯一的國教、農奴必須信奉天主教。不願改信天主教的貴族和自由市民，需盡速遷居國外。同時在一六二九年頒布「歸還教會赦令」，強迫新教徒如數歸還一五五二年以後所佔據的天主教會產業。

捷克的這場起義，咸認為是引發一六一八年至一六四八年歐洲「三十年戰爭」的引信，這場新教徒與天主教徒的較力，以德意志新教為主的各諸侯國及丹麥、瑞典、法國，得到荷蘭、英國和俄國的支持；另一方以神聖羅馬帝國、德意志天主教諸侯國和西班牙為主，並得到羅馬教皇和波蘭的支持；在「三十年戰爭」期間，捷克一再受到交戰雙方軍隊的蹂躪，財產損失慘重，加上飢荒和瘟疫接踵而至，到處一片衰敗、荒涼景象，全國人口銳減一半，只剩下一百五十萬人。

三十年戰爭之後波希米亞經濟恢復緩慢，農業長期停滯不前，居民身負重稅，直至一六○八年後經濟才逐漸復甦。經濟開始繁榮的象徵是許多城鎮出現漂亮的巴洛克式建築，其中多為教堂、修道院和貴族豪宅。十八世紀初，哈布斯堡王朝根據重商主義原則支持捷克工業的發展。

一七四○年，在位二十九年的神聖羅馬帝國皇帝查理（Charles）六世駕崩，他的女兒瑪麗亞•泰瑞莎（Maria Therese）成為波希米亞女王、奧地利女大公和匈牙利女王，並讓自己的丈夫洛林的法蘭西斯一世取得神聖羅馬帝國的皇位。這位女王精明能幹，治國有方，實行一系列支持工商業發展的措施，豁免了國內的通行稅和國稅，推行的各項改革措施都有利於改善人民的生活水準。

一七八○年瑪麗亞•泰瑞莎女王駕崩，王位由她兒子約瑟夫二世（Joseph II）繼承。約瑟夫二世自幼聰明好學，受過嚴格而完備的教育，登基後不久就宣布廢除農奴制，解除農民人身自由的限制，出走的農人得以回到城市工廠謀職，為工業化發展勞動力的補充舖路；允許新聞自由，這些開明政策使捷克經濟、文化迅速發展，並成為哈布斯堡王朝中工業最發達的地區。同時在宗教上也有許多革新政策，解除了天主教主教的特權，限制主教與教皇的通訊聯繫，承認新教的地位。

在這個時期，捷克音樂開始名揚歐洲，出現了許多音樂大師，但因經濟的原因，許多人不得不離開祖國，在國外成了名，如本達（Jiri Antonin Benda）在[[柏林]]成為德國輕歌劇和以樂器伴奏的音樂話劇創始者；在曼海姆有斯塔米茨（Carl Stamitz）等捷克作曲家，是歐洲古典樂派的先驅；摩拉維亞的里赫特（Richter）則成為維也納古典樂派的前輩，他對海頓和莫扎特的音樂創作有深刻影響。

一七九○年二月約瑟夫二世駕崩，其弟利奧波德二世（Leopold II）繼位，他自一七六五年起任托斯卡納公爵，受啟蒙運動的影響，想用科學方法改善人類的處境，決心建立一個有效的國家機器，在治理托斯卡納大公國二十五年期間，改進賦稅、發展代議制，頗具口碑。登基時恰逢法國資產階級革命，為防止捷克和匈牙利脫離哈布斯堡王朝，他加強中央集權，並於翌年八月發表皮爾尼茨宣言，呼籲歐洲各國君主用武力保衛法國封建王朝，但登基只有兩年，於一七九二年三月一日病故。

他兒子法蘭西斯二世（Francis/Franz/Frantiˇsek II）繼承皇位，這個專制主義者憎惡任何形式的文憲制度，在捷克推行德意志化政策，規定學校中只能用德語作為教學語言。曾經四次發動反拿破崙的戰爭都以慘敗告終，一八一○年只好把女兒瑪麗•路易絲（Marie Louise）嫁給拿破崙得以求和。

十九世紀初神聖羅馬帝國雖已解體，但捷克仍受奧地利哈布斯堡王朝的統治。隨著工業化的發展、蒸汽機的使用，近代化工業逐漸取代手工業，工廠主人數的增加，使捷克民族資產階級開始形成，也使民族意識不斷提高。

一八三五年，法蘭西斯二世駕崩，傳位給兒子斐迪南（Ferdinand）五世。一八四八年三月，在歐洲資產階級革命浪潮的推動下，捷克知識界領袖帕拉茨基向斐迪南五世提交了一份請願書，要求建立捷克自治機關變君主專制為立憲制度，官方文件和學校教學使用捷克文，斐迪南五世未作肯定答覆。同年六月十二日[[布拉格]]市民舉行武裝暴動，五天後握有軍政大權的奧地利將軍溫迪施格雷茨（Windischgrätz）以炮轟相威脅，平定了[[布拉格]]秩序。不久，維也納也爆發資產階級革命，溫狄施格雷茨更仗勢恣意鎮壓，並勸退皇帝斐迪南五世、擁立侄兒法蘭西斯•約瑟夫一世（Francis Joseph I），捷克民族主義者趁奧地利政局變動的時機，成立了民族議會。

溫迪施格雷茨惡名昭彰，人民畏之如虎、恨之入骨，為安撫捷克人民的不滿情緒，奧皇召他回國，對起義的領袖也沒有過於嚴厲地處置，並廢除捷克農民的徭役制。

一八六七年，奧地利與匈牙利協約成立奧匈帝國，波希米亞降為奧地利的一個省，捷克則附屬於匈牙利，被迫接受馬札兒文化。從十九世紀六十年代起發展工業，工人數量越來越多，根據當時奧匈帝國憲法的規定，工人有結社自由的權利，但沒有選舉權。一八六八年，波希米亞境內利貝雷茨城的日耳曼籍工人，成立全國第一個社會民主黨組織。一八七八年四月，捷克斯拉夫人社會民主工黨也宣告成立。一八八八年以後，奧匈帝國統治者感到很難有效維持對捷克的統治，準備在波希米亞日耳曼人聚居地成立一個奧匈帝國直轄省，這項計劃最終也因捷克人的強烈反對而作罷。

一九一四年第一次世界大戰爆發，多數捷克政客支持奧匈帝國對外宣戰，但許多捷克平民在參加奧軍赴俄國前線作戰時，卻不願充當炮灰紛紛投降。一九一六年，境內比爾森、奧斯特拉瓦、維特科維策和普羅斯捷約夫等城市，相繼發生反戰示威遊行。同年，捷克斯洛伐克的主要締造者馬薩里克（Tomásˇ Garrigue Masaryk）教授在協約國的幫助下，於國外成立捷克斯洛伐克民族議會，提出解放運動的目標，要求在民主的基礎上恢復波希米亞獨立，實現捷克和斯洛伐克的統一。翌年，試圖幫助布倫斯基掌權，但未獲成功。

由於受俄國十月革命的影響，一九一八年一月[[布拉格]]十五萬工人大罷工要求結束戰爭，在克拉德諾和布爾諾等地也有上萬名工人舉行罷工。馬薩里克同月赴華盛頓，與美國總統威爾遜和國務卿蘭辛商談捷克和斯洛伐克的獨立問題，美國總統威爾遜發表十四項和平原則，支持捷克和斯洛伐克獨立。同年六月三日，尚未獨立的捷克斯洛伐克被承認為協約國。